Формирование семейства гомологов с помощью PSI-BLAST
Из данного списка случайным образом была выбрана последовательность Q3U7X3.
Краткая характеристика белка:
- ID: Q3U7X3_MOUSE
- AC: Q3U7X3
- Protein existence: предсказанный белок
- Length: 110
- Organism: Mus musculus (Mouse)
С помошью программы PSI-BLAST был проведен поиск гомологов данного белка. Результаты представлены в табл.1.
Табл.1. Результаты поиска гомологов белка Q3U7X3_MOUSE с помощью PSI-BLAST.
| Номер итерации | Число находок выше порога (0,005) | Идентификатор худшей находки выше порога | E-value этой находки | Идентификатор лучшей находки ниже порога | E-value этой находки |
| 1 | 72 | XP_004478110.1 | 2*10-8 | NP_001089746.1 | 0.006 |
| 2 | 73 | NP_001089746.1 | 1*10-5 | XP_003824822.1 | 0.018 |
| 3 | 73 | XP_004478110.1 | 4*10-12 | XP_001787951.1 | 0.069 |
| 4 | 73 | NP_619533.1 | 1*10-12 | XP_003729993.1 | 0.11 |
| 5 | 73 | NP_619533.1 | 5*10-13 | XP_003729993.1 | 0.073 |
| 6 | 73 | NP_619533.1 | 5*10-13 | XP_003729993.1 | 0.073 |
На табл.1 видно, что после пятой итерации произошла стабилизация результатов. Таким образом, в банке Refseq для белка Q3U7X3_MOUSE нашлось 73 гомолога. Для найденных гомологов было построено множественное выравнивание с помощью программы COBALT. Оно изображено на рис.1 или представлено в файле psi.fasta.
Рис.1. Множественное выравнивание последовательностей белков, гомологичных Q3U7X3_MOUSE.
В полученном выравнивании отчетливо вырисовываются 5 блоков. Однако не все белки содержат участки, соответствующие каждому из блоков. Изучив выравнивание, я обнаружила три последовательности, которые не соответствуют общему выравниванию. Речь идет о белках NP_619531.1, XP_00364094.1, XP_004175188.1. Они имеют достаточно хорошие E-value: порядка 10-15, 10-27, 10-21 соответственно.