Геномные браузеры

1. UCSC

Найдем ген, кодирующий белок ERGI2_HUMAN, в UCSC браузере. Подробно информацию о нем занесем в таблицу 1.

Табл.1. Подробная информация о гене, кодирующем белок ERGI2_HUMAN.

В гене ERGI2 закодирован один продукт, длина которого 377 аминокислотных остатков и количество экзонов равно 13. Далее получим картинку(рис.1) окрестности гена из Genome Browser c треками:

• гены USCS и RefSeq (USCS Genes и RefSeq Genes);
• метилирование ДНК (ENC_DNA_Methylation);
• консервативность последовательности среди млекопитающих (Conservation);
• полиморфизмы (Common SNPs);

Рис.1. Окресности гена ERGIC2 из Genome Browser.

2. Ensembl

С помощью браузера Ensembl получим выравнивание гена ERGIC2 человека с гомологичным геном шимпанзе: alignment.txt. Далее с помощью команды distmat подсчитаем количество различий. Команда distmat оценивает эволюционное расстояние между последовательностями как количество замен на 100 пар нуклеотидов. Для нашего выравнивания получим число 1.15, оно говорит о близком родстве видов.

distmat alignment.txt

Результат работы команды представлен в файле alignment.distmat.

С помощью Ensembl получим список встречающихся полиморфизмов в гене ERGIC2 (рис.2). На рисунке мы видим, что всего полиморфизмов 5804.

3. NCBI Map Viewer

Рассмотрим тот же фрагмент генома в NCBI Map Viewer. Открыв вкладку location в Ensembl и перейдя по ссылке NCBI Map Viewer, мы получаем страницу, на которой представлена визуализация гена (рис.3), здесь же мы можем увидеть название гена, координаты и его расположение(рис.4).

Рис.3. Окрестность гена ERGIC2, полученные через NCBI Map Viewer

Рис.4. Расположение гена ERGIC2 на хромосоме

Об этом браузере у меня сложилось двоякое мнение. С одной стороны, он очень даже хорош, с его помощью можно получить достаточное количество информации о интересующем вас гене, но с другой стороны, он неудобен, некоторая информация представлена в непривычном для нас виде, чего стоит одна вертикальная карта.