Нуклеотидные банки данных

С помощью SRS был получен список хромосом дрожжей Saccharomyces cerevisiae. Результаты представлены ниже.

REFSEQ_DNA:NC_001133	NC_001133	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome I, complete sequence. 	230218	
REFSEQ_DNA:NC_001134	NC_001134	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome II, complete sequence. 	813184	
REFSEQ_DNA:NC_001135	NC_001135	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome III, complete sequence. 	316620	
REFSEQ_DNA:NC_001136	NC_001136	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence. 	1531933	
REFSEQ_DNA:NC_001137	NC_001137	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome V, complete sequence. 	576874	
REFSEQ_DNA:NC_001138	NC_001138	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VI, complete sequence. 	270161	
REFSEQ_DNA:NC_001139	NC_001139	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VII, complete sequence. 	1090940	
REFSEQ_DNA:NC_001140	NC_001140	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VIII, complete sequence. 	562643	
REFSEQ_DNA:NC_001141	NC_001141	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IX, complete sequence. 	439888	
REFSEQ_DNA:NC_001142	NC_001142	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome X, complete sequence. 	745751	
REFSEQ_DNA:NC_001143	NC_001143	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XI, complete sequence. 	666816	
REFSEQ_DNA:NC_001144	NC_001144	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XII, complete sequence. 	1078177	
REFSEQ_DNA:NC_001145	NC_001145	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIII, complete sequence. 	924431	
REFSEQ_DNA:NC_001146	NC_001146	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIV, complete sequence. 	784333	
REFSEQ_DNA:NC_001147	NC_001147	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XV, complete sequence. 	1091291	
REFSEQ_DNA:NC_001148	NC_001148	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XVI, complete sequence. 	948066	

Информация о хромосоме XII:

• AC: NC_001144
• Длина: 1078177
• Количество генов: 564
• Количество генов тРНК: 21

Подробная информация о некоторых генах заданной хромосомы:

Получение последовательности, кодирующей белок URHG2_BACSU

• Для начала определим АС записи EMBL, в которой описан ген белка URHG2_BACSU. Для этого на сервере Kodomo выполним команду entret sw: urhg2_bacsu. Получаем файл: urhg2_bacsu.entert и в нем находим АС интересующего нас гена. Таким образом, AC EMBL: AF008220.
• Теперь получим файл с полной записью EMBL. Делаем это с помощью команды entret embl:af008220 и получаем файл af008220.entret.
• В этом файле в CDS определяем границы кодирующего участка: 96864..97985
• C помощью команды seqret и опции -sask вырезаем участок, кодирующий мой белок, в отдельный файл af008220.fasta.

Выравнивание белков и их генов

Для работы используем белок URHG2_BACSU и его гомолог URHG1_BACSU. Создадим несколько выравниваний:

• C помощью программы needle получим выравнивание двух последовательностей белков. Результаты представлены в файле urhg2_bacsu.needle.

  	URHG2_BACSU        1 MGSMDQSIAVKSPLTYAEALANTIMNTYTVEELPPANRWHYHQGVFLCGV     50
                                 .:.|.:.|....::::............|.:..||...||
  	URHG1_BACSU        1 ----------MAQLIFDEEKVTSVIDRIVKRTFQMDFAWDWPGGVAFYGV     40
  
  	URHG2_BACSU       51 LRLWEATGEKRYFEYAKAYADLLIDDNGNLLFRRDELDAIQAGLILFPLY    100
                      	     ...:|||..:.|....|.:.|..::|....|    .::.:..|..|..|:
  	URHG1_BACSU       41 AEAYEATENEEYINLLKTWVDEQLEDGLPPL----SINGVSIGHTLLFLH     86
  
  	URHG2_BACSU      101 EQTKDERYVK-AAKRLRSLYGTLNRTSEGGFWHKDG-----YPYQMWLDG    144
                               :.|.|:.|:: ||:....:.....|..||...|...     :|.|.|.|.
  	URHG1_BACSU       87 KVTGDDVYLETAAEMAEYVLHKAPRFGEGILQHTVNAAEYVFPEQAWADT    136
  
  	URHG2_BACSU      145 LYMGGPFALKYANLKQETELFDQVVLQESLMRKHTKDAKTGLFYHAWDEA    194
                               |.|.|.|.|:...:.:..:.|:..:.|........:|..|.|:|||||..
  	URHG1_BACSU      137 LMMAGLFMLRIGRVMEREDYFEDGLRQFHGHEDVLQDPVTNLYYHAWDNK    186
  
  	URHG2_BACSU      195 KKMPWANEETGCSPEFWARSIGWYVMSLADMIEELPKKHPNRHVWKNTLQ    244
                               .:    |..:|.   :|.|:.||..:::|..:..:...||:..:...:|:
  	URHG1_BACSU      187 AQ----NHLSGI---YWGRANGWAALTMAKALPLIEVTHPSFMIIDGSLR    229
  
  	URHG2_BACSU      245 DMIKSICRYQDKETGLWYQIVDKGDRSDNWLESSGSCLYMYAIAKGI-NK    293
                               |.:.::.|.|| |:|||:.|:|.   .|::||.|.|.    .||..: :.
  	URHG1_BACSU      230 DQLSALVRLQD-ESGLWHTILDD---PDSYLEVSASA----GIASALMSS    271
  
  	URHG2_BACSU      294 GYLDRAYETTLLKAYQGLIQHKTETSEDGAFLVKDICVGTSA-----GFY    338
                               |.|...|....|.|....::      |||.  |..:..||:.     |:.
  	URHG1_BACSU      272 GKLYTKYVQKSLAAILDAVE------EDGR--VSRVSAGTAVMKNAEGYK    313
  
  	URHG2_BACSU      339 DYYVSRERSTNDLHGAGAFILAMTELEPLFRSAGK---    373
                               .....|.:.    .|.|   ||:|.|..:.::..:   
  	URHG1_BACSU      314 QVPYKRIQG----WGQG---LALTFLADVLKTKKRLYQ    344
  	

  Поиск в нуклеотидном банке NCBI по имени гена

  Для примера используем ген RPS0B из первого упражнения, который находится на прямой цепи двенадцатой хромосомы Saccharomyces cerevisiae. Ищем ген в банке NCBI и получаем 114 результатов. Заметим, что помимо Saccharomyces cerevisiae, данный ген также встречается у других видов дрожжей, например, Vanderwaltozyma polyspora, Tetrapisispora phaffii, Kazachstania africana, Naumovozyma dairenensis. Переходим по первой ссылке, это и есть описание изучаемого гена. Здесь мы можем увидеть подробную информацию о расположении гена, закодированном белке и т.д.

  ---

  © Evstafyeva Diana, 2013