Семестр 2

Онлайн BLAST

1. Поиск организма по фрагменту нуклеотидной последовательности

По заданному 300-нуклеотидному фрагменту:fragment.fasta, используя программу megablast, определили, какому организму принадлежит данный фрагмент. Результаты представлены ниже.

Организм	AC в RefSeq	Координаты фрагмента	Кодирующий?
Archaeoglobus fulgidus	NC_000917	1145 - 1444	нет

2. Поиск гомолога белка человека в слоне

Для того, чтобы получить полный список белков человека, идентификаторы которых начинаются на букву Е, используем следующую команду EMBOSS:

infoseq sw:E*_human -only -name -desc -out proteins_name.txt

Таким образом, получаем файл proteins_name.txt с полным списком белков. Из списка выберем белок EST1A_HUMAN и получим файл с последовательностью этого белка: est1a_human.fasta

seqret sw:est1a_human -auto

Далее на сайте ENA проводим поиск гомолога этого белка в геноме африканского слона(Loxodonta africana). Описание лучшей находки представлено ниже.

e-value	Длина выравнивания	identity	Координаты найденного гена в геноме слона	Кол-во интронов
6E-285	511	97%	5214725 - 5393163	9

3. Поиск некодирующих последовательностей программой BLAST

Определили АС записи EMBL с геномом бактерии Geodermatophilus obscurus: CP001867. Далее получили полную запись EMBL, в которой выбрали тРНК с координатами 341069..341155. Для того, чтобы вырезать этот фрагмент, используем команду:

seqret cp001867.entret trna.txt -sask

Получаем файл trna.txt с последовательностью тРНК, связывающейся с серином. Затем проведем поиск гомологов данной последовательности по всем бактериям, относящимся к порядку Actinomycetales. Поиск проводим тремя разными вариантами:

алгоритмом megablast;
алгоритмом blastn с параметрами по умолчанию;
алгоритмом blastn с длиной слова = 7, match/mismatch = 1/-1;

Результаты поиска представлены ниже.

Алгоритм	Число находок с e-value < 0,001
megablast	10
blastn(по умолчанию)	100
blastn(word size=7, match/mismatch = 1/-1)	100

Результаты оказались довольно предсказуемыми, megablast нашел всего 10 гомологов, а blastn в обоих случаях нашел по 100 гомологов. Это объясняется тем, что megablast использует затравки из 28-и нуклеотидов, то есть ищет очень близкие гомологи, а blastn использует затравки из 11-и нуклеотидов.