Филогенетические деревья
Из предложенного набора было отобрано 8 бактерий отдела Firmicutes. Ниже представлена таблица с названием и мнемоникой каждой бактерии.
| № | Название | Мнемоника |
| 1 | Bacillus anthracis | BACAN |
| 2 | Bacillus subtilis | BACSU |
| 3 | Clostridium botulinum | CLOB1 |
| 4 | Clostridium tetani | CLOTE |
| 5 | Enterococcus faecalis | ENTFA |
| 6 | Finegoldia magna | FINM2 |
| 7 | Geobacillus kaustophilus | GEOKA |
| 8 | Lactobacillus acidophilus | LACAC |
Используя предложенное филогенетическое дерево, была составлена "скобочная формула" филогенетического дерева отобранных ранее бактерий.
(((GEOKA,(BACAN,BACSU)),(LACAC,ENTFA)),(FINM2,(CLOTE,CLOB1)));
С помощью программы MEGA визуализируем составленную выше скобочную формулу. Для этого на вход программе подаем файл tree.tre.
Дерево содержит пять нетривиальных ветвей (ветвь называется нетривиальной, если она разбивает множество листьев на подмножества, в каждом из которых более одного элемента).