Дерево восьми видов бактерий, построенное Jalview по рибосомальному белку S2 с использованием алгоритма neighbour-joining по BLOSUM62, было укоренено в среднюю точку с использованием программы Retree. Полученный файл был визуализирован программой MEGA.
| Оригинальное дерево | Укорененное в среднюю точку дерево |
| 
|
Укоренение произошло в ветвь {FINM2, LACAC, ENTFA} vs {GEOKA, CLOTE, CLOB1, BACSU, BACAN}, что не соответствует правильному филогенетическому дереву.
2. Использование внешней группы
Для дерева, построенного методом Maximum parsimony укоренение в среднюю точку не делается, так как метод символьно-ориентированный и невозможно определить наибольшее расстояние между листьями, если в принципе метод не предполагает работы с матрицей, где указаны "расстояния" между отдельными листьям.
К выравниванию рибосомального белка S2 восьми выбранных видов бактерий была добавлена последовательностб того же белка из E. coli, выравнивание было проведено программой MUSCLE:
Выравнивание последовательностей рибосомального белка S2 восьми выбранных Firmicutes и E. coli.
Укоренение производится в ветвь {ECOLI}vs{FINM2, LACAC, ENTFA, GEOKA, CLOTE, CLOB1, BACSU, BACAN}.
| Неукорененное дерево с внешней группой. | Укорененое дерево с внешней группой (клада Firmicutes) |
| 
|
Укоренение произошло в ветвь {LACAC, ENTFA} vs {FINM2,GEOKA, CLOTE, CLOB1, BACSU, BACAN}. К сожалению, полученное укоренение дерева не согласуется с информацией о систематическом положении рассматриваемых бактерий.
3. Бутстрэп
Воспользуемся методом бутстрэпа для дерева, построенного по выравниванию выбранных белков, взяв число реплик равным 100. Сравним полученные деревья:
| Оригинальное дерево | Дерево бутстрэпа |
| 
|
Можно заметить, что "Original tree" и "Bootstrap consensus tree" не отличаются.Кроме того необходимо отметить, что в обоих деревьях ветвь с наименьшей поддержкой (66) является неправильной в силу систематического положения рассматриваемых бактерий.