Классификация ферментов (EC)
С помощью Uniprot был определен ЕС-код исследуемого фермента человеа: EC=2.5.1.58. Для того, чтобы расшифровать этот код использовался север Enzyme Nomenclature. Подробная информация представлена в таблице 1.
Табл.1. Расшифровка EC-кода для фермента FNTB_HUMAN
| Ранг | Цифра | Активность | Активность(оригинал) |
| Класс | 2 | Трансферазы | Transferases |
| Подкласс | 2.5 | Катализирует перенос алкильных и арильных групп, кроме метильных | Transferring alkyl or aryl groups, other than methyl groups |
| Под-подкласс | 2.5.1 | Катализирует перенос алкильных и арильных групп, кроме метильных | Transferring Alkyl or Aryl Groups, Other than Methyl Groups |
| Порядковый номер | 2.5.1.58 | Фарнезилтрансфераза | Protein farnesyltransferase |
Фермент FNTB_HUMAN катализирует перенос фарнезила из фарнезил дифосфата к цистеину, расположенному на четвертом месте С-конца белка.
Реакция: farnesyl diphosphate + protein-cysteine = S-farnesyl protein + diphosphate
С помощью SRS выяснили, сколько белков человека являются ферментами с тем же классом по EC, сколько — с тем же классом и подклассом, сколько имеют общие с ферментом FNTB_HUMAN три уровня классификации и сколько — все четыре. Результеты поиска представлены в таблице 2.
Табл.2. Количество ферментов человека с близкими фунциями к FNTB_HUMAN
| Ранг | Запрос для поиска | Количество |
| Класс | ** | 1243 |
| Подкласс | 2.5.*.* | 43 |
| Под-подкласс | 2.5.1.* | 43 |
| Порядковый номер | 2.5.1.58 | 2 |
С помощью UniProt получили список всех белков мыши (Mus musculus) из Swiss-Prot, у которых класс классификации EC совпадает с таковым фермента FNTB_HUMAN. Полученный результат был сохранен в виде двух файлов, в одном(mus-transferases.fasta) последовательности в Fasta-формате, в другом(mus-ec.tab) — текстовая таблица, в которой против ID каждого белка указан его полный EC-код.
Всего нашлось 1740 белков, из которых у 68 совпадает подкласс и под-подкласс с ферментом FNTB_HUMAN по ЕС и у 2-х совпадает вся классифиация.
Далее, пользуясь программой blastp,найдем среди найденных ранее трансфераз сходные по последовательности с исследуемым ферментом. Для этого используем следующие команды:
makeblastdb -in mus-transferases.fasta -dbtype prot blastp -query FNTB_HUMAN.fasta -db mus-transferases.fasta -out blastp.out -evalue 1
В результате, было найдено три белка, информация о которых представлена в таблице 3.
Табл.3. Белки, сходные по последовательности с ферментом FNTB_HUMAN.
| ID | E-value | EC | Общий уровень классификации |
| FNTB_MOUSE | 0.0 | 2.5.1.58 | Вся классификация |
| PGTB2_MOUSE | 4e-40 | 2.5.1.60 | Класс, подкласс, по-подкласс |
| PGTB1_MOUSE | 4e-29 | 2.5.1.59 | Класс, подкласс, по-подкласс |
Как видно из таблицы 3, все находки можно считать достоверными гомологами, т.к. их классификация совпадает с исследуемым ферментом вплоть до под-подкласса.