В документе Swiss-Prot FNTB_HUMAN.txt с описанием белка в поле DR найдем ссылку на KEGG. В данном случае идентификатор гена в KEGG имеет вид hsa:2342. На главной странице KEGG провели поиск гена по его KEGG-идентификатору. В открышемся документе мы мoжем увидеть подробную информацию о нашем ферменте, в том числе и описание метаболических путей. Данный фермент участвует в одном метаболическом пути, информация о котором представлена в табл.1 и рис.1.
Табл.1. Метаболический путь фермента FNTB_HUMAN
| ID KEGG | Название(англ.) | Название(рус.) |
| hsa00900 | Terpenoid backbone biosynthesis | Биосинтез углеродного скелета терпеноидов |
Рис.1. Карта метаболического пути биосинтеза терпеноидов
Проведем поиск цитрата(citrate) и глиоксилата(glyoxylate) по базе лигандов KEGG LIGAND. Полученная информация о каждом соединении представлена в табл.2.
Табл.2. Структурная формула цитрата и глиоксилата
| Название(рус.) | Название(англ.) | ID KEGG | Структурная формула |
| Цитрат | Citrate; Citric acid; 2-Hydroxy-1,2,3-propanetricarboxylic acid; 2-Hydroxytricarballylic acid | C00158 | 
|
| Глиоксилат | Glyoxylate; Glyoxalate; Glyoxylic acid | C00048 | 
|
Воспользуемся еще одной по лезной функцией базы KEGG для того, чтобы найти метаболический путь от цитрата к глиоксилату.В разделе "KEGG PATHWAY" найдем ссылку "Search&Color Pathway" и перейдем по ней. В поле запроса введем:
(Homo sapiens pathway) C00158 red C00048 green
Результатом поиска окажется список всех метаболических путей, в которых участвуют цитрат и глиоксилат. Выберем тот, в котором присутствуют оба соединения. В данном случае это Carbon metabolism(рис.2).
Рис.2. Carbon metabolism
Как можно заметить, на рис.2. существуют множество путей, соединяющих цитрат и глиоксилат, выберем кратчайший из них: цитрат - изоцитрат - глиоксилат. Выбранный путь представлен на рис.3.
Рис.3. Метаболический путь от цитрата к глиоксилату. Красным выделено начальное соединение, зеленым - конечное, желтым - промежуточные соединения.
Таким образом, обобщим информацию о метаболическом пути, изображенным на рис.3.
Карта: Метаболизм углерода; Путь: цитрат -> глиоксилат; Цепочка: цитрат <-> изоцитрат-> глиоксилат
KEGG представляет собой огромную коллекцию баз данных, связанных с геномами, метаболическими путями и биологическими веществами. На мой взгляд, самыми большими плюсами, не считая полноту информации, является систематизированность и простота поиска. На страницах каждого раздела приведена подробная информация о функциях раздела, его возможностях. Это, безусловно, облегчает поиск нужной информации.
- Далее подробнее рассмотрим некоторые из разделов.
- KEGG GENOME - это коллекция организмов, с помощью которой можно узнать таксономию интересующего организма, карту генома и такие статистические данные, как количество нуклеотидов, количество генов, кодирующих белки и РНК.
- KEGG GENES - это коллекция генов, позволяющая узнать последовательность интересующего гена, организм, длину, идентификаторы в других базах данных.
- KEGG DISEASE, KEGG DRUG, KEGG MEDICUS - наиболее необычные разделы для биоинформатического ресурса. В них можно узнать подробную информацию о тех или иных заболеваниях, лекарствах и других аспектах медицины. То есть они, действительно, имеют большую практическую значимость.
Чо касается внешнего вида сайта, достаточно странным кажется выравнивание всех страниц сайта по правой стороне.К счастью, это никак не мешает работе.