Задания по BLAST

Определение функции и таксономии нуклеотидной последовательности

При расшифровке хроматограммы в практикуме 6 была получена следующая консенсусная последовательность. Чтобы понять функцию полученной поледовательности, я решил воспользоваться BLASTN, так как мы исходно имеем последовательность нуклеотидов, про которую ничего не известно.

По результатам выдачи программы можно с высокой долей вероятности можно утверждать, что последовательность является участком гена, кодирующего субъединицу I цитохромоксидазы (около 50 соответствующих находок имеют E-value = 0.0 и процент идентичности > 90%).

63 лучшие находки относятся к "хрупкой звезде" Ophiopholis aculeata семейства Ophiactidae порядка Ophiurida. Следовательно, можно предположить, что наша последовательность была получена из представителя данного вида.

Параметры поиска: database - nr/nt, blastn alghorithm, параметры алгоритма оставил по умолчанию (Expect threshold = 0.05, wordsize = 11, match/mismatch score = 2/-3, gap cost - existence: 5, extension: 2).

Поиск генов белков в неаннотированной нуклеотидной последовательности

Для данного задания я выбрал контиг JAAAKF010006501.1 из сборки организма Ara arauana, рассмотренного в практикуме 7. Так как по последовательности нуклеотдов мы искали гомологичные белки, я выбрал blastx. Поиск проводил по базе данных Swiss-Prot, где представлены аннотированные последовательности. При составлении запроса я исключил род Ara в выдаче. Все остальные параметры оставил по умолчанию.

На выдаче я получил 7 гомологичных последовательностей. Все они являются cysteine and serine rich nuclear protein (CSRNP). При этом сходство с CSRNP3 намного больше (больше покрытие и процент идентичности). Так что, по-видимому, в выбранном контиге находится ген кодирующий CSRNP3.

Интепретация карты локального сходства гомологичных хромосом двух бактерий

Для составления карты локального сходства я выбрал хромосомы Lactobacillus delbrueckii и Lactobacillus acetotolerans. В итоге программа выдала следующий результат:

Рис.1 Карта локального сходства Lactobacillus delbrueckii и Lactobacillus acetotolerans

На графике видны две довольно большие перестройки. Инверсия фрагмента с 400.000пн по 750.000пн и с 950.000пн по 1.350.000пн. Возможно также, что сначала произошла инверсия всего большого участка с 400.000пн по 1.350.000пн., и затем уже небольшая инверсия внутри него.