РУЧНОЕ ВЫРАВНИВАНИЕ |
Назад |
При помощи скрипта я создал три мутантных последовательности длиной в 20 остатков из исходной последовательности белка YokD_BacSu, применяя разную вероятность мутации и долю мутаций-замен. Привожу выводы скрипта:
| 0408-yokd | 0606-yokd | 0608-yokd |
В названии файла первые две цифры обозначаяю вероятность мутации, а следующие две – вероятность замены, если мутация произошла.
По этой ссылке расположено выравнивание трёх мутированных отрывков с исходным белком, выполненное в программе JalView. Иллюстрация выравнивания, цифрами по бокам последовательности обозначены номера первого и последнего остатков во фрагменте, а слева написаны названия мутантных последовательностей:
В таблице приведены данные по выравниванию:
| Вероятность мутации | вероятность замены | Идентичность | Сходство | Вес по BLOSUM62 |
| 40% | 80% | 66.67% | 76.20% | 54 |
| 60% | 60% | 61.90% | 66.67% | 52.5 |
| 60% | 80% | 45.00% | 55.00% | 43 |
Таким образом, если сранивать пары выравниваний с одинаковыми вероятностями мутации или замены, то можно заключить, что вероятность замены больше сказывается на сходстве, чем на идентичности, а вероятность мутации вообще больше на идентичности.
Выравнивание для просмотра в JalView
Как можно увидеть по фиг.1 попарное сходство гомологов YokD_BacSu с ним самим крайне велико.
фиг.1 – ручное выравнивание YokD_BacSu и двух гомологов. Легенда:
алифатические неполярные аминок-ты - серый (метионин - тёмно-серый)
ароматические - бирюзовый
алифатические полярные незаряженные - дымчатый розовый
отрицательно заряженые - синий
положительно - фиолетовый
цистеин - зелёный
пролин - оливковый