Герб ФББ
  • Главное
  • Семестры
  • Обо мне
  • Официальный сайт ФББ МГУ

    Практикум 4. Ортологи и паралоги

    Нахождение гомологов

    Для начала нужно было найти гомологи белка CLPX_ECOLI в протеомах выбранных организмов. Сделала я это с помощью команд ниже:

    • cat NEIMA.fasta PASMU.fasta ROSDO.fasta POLAQ.fasta YERPE.fasta BRUSU.fasta AROAE.fasta > ~/term4/pr4/prot.fasta
    • makeblastdb -dbtype prot -in prot.fasta -out col
    • blastp -query CLPX.fasta -db col -evalue 0.0001 -out result.txt

    Вот файл с выдачей blast

    Выдача blast
    Рис. 1. Находки blast

    Реконструкция и визуализация

    Я изменила названия находок на их мнемоники, затем выравнивал программой muscle. Построила дерево командой fastme с моделью p-distance. Визуализировала дерево с помощью программы ITOL и укоренила в среднюю точку.

    Выдача blast
    Рис. 2. Реконструкция дерева полученных находок с помощью программы FastME и модели p-distance

    Выдача blast
    Рис. 3. Реконструированное дерево полученных находок с выделением различных ортологических групп

    На Рис. 3. показаны с помощью красного и желтого цветов различные ортологические группы (красным - CLPX, желтым - HSLU).

    Примеры пар ортологов: HSLU_BRUSU и HSLU_ROSDO, CLPX_NEIMA и CLPX_PALMU, CLPX_YERPE и CLPX_AROAE
    Примеры пар парологов: CLPX_ROSDO и HSLU_ROSDO, CLPX_YERPE и HSLU_YERPE, HSLU_PASMU и CLPX_PASMU

    Выдача blast
    Рис. 4. Реконструированное дерево полученных находок, где разные ортологические группы схлопнуты. Состав CLPX: CLPX_NEIMA, CLPX_PASMU, CLPX_ROSDO, CLPX_BRUSU, CLPX_YERPE, CLPX_AROAE, CLPX_POLAQ. Состав HSLU: HSLU_ROSDO, HSLU_BRUSU, HSLU_AROAE, HSLU_YERPE, HSLU_PASMU

    В итоге в у меня получились две большие ортологические группы (CLPX и HSLU).

    CLPX: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX, АТФ связывающая субъединица АТФ зависимой Clp протеазы.

    Состав CLPX: CLPX_NEIMA, CLPX_PASMU, CLPX_ROSDO, CLPX_BRUSU, CLPX_YERPE, CLPX_AROAE, CLPX_POLAQ

    Соответствует филогении за исключением одной группы клады: ((NEIMA, PASMU), (YERPE,(AROAE, POLAQ))) реконструирована неверно, должно быть ((YERPE, PASMU), (NEIMA, (AROAE, POLAQ))).

    HSLU: ATP-dependent protease ATPase subunit HslU, АТФ зависящая субъединица АТФ зависимой протеазы HslU.

    Состав HSLU: HSLU_ROSDO, HSLU_BRUSU, HSLU_AROAE, HSLU_YERPE, HSLU_PASMU

    Полностью соответствует филогении.