Практикум 4

Составление списка гомологичных белков, включающих паралоги

Все последовательности были собраны в один файл. Затем последовательности были проиндексированы с помощью программы makeblastdb

После локального запуска программы blatp был получен список гомологов белка CLPX_ECOLI

Параметры запроса:

Порог на E-value = 0.001

Результат работы программы собран в файле

Реконструкция и визуализация

Находки были собраны в один файл. Реконструкция филогенетического дерева проводилась с помощью онлайн-ресурса NGPhylogeny.

Параметры:

"Gamma distributed rates across sites" - No

"Starting tree" - BIONJ

"No refinement"

100 бутстреп реплик

Newick - формула

Ортологи:

A1TG29 MYCVP и Q82EB8 STRAW

Q6NFB1 CORDI и Q8FMH5 COREF

A1TG43 MYCVP и FTSH MYCTU

A1SDV1 NOCSJ и Q82EE9 STRAW

Паралоги:

CLPX MYCVP и A1TG29 MYCVP

CLPX CORDI и Q6NFB1 CORDI

CLPX STRAW и Q82EE9 STRAW

tree
Рис. 1 Филогенетическое дерево находок. Розовым цветом выделены ортологи.
tree
Рис. 2 Филогенетическое дерево со схлопнутыми ортологами. Розовым цветом выделена группа АТФ-зависимых Clp протеаз, красным - АТФ-зависимых цинковых металлопротеаз

Ссылка на страницу с эталонным деревом

Для группы АТФ-зависимых Clp протеаз эталонному дереву соответствует ветвь {COREF, CORDI}. Также в розовой группе содержатся ветвь, не соответствующая эталонному дереву:{MYCVP,STRAW}. Для группы АТФ-зависимых цинковых металлопротеаз ветвь {MYCVP,MYCTU} и {THEFY,NOCSJ,STRAW} соответствуют эталонному дереву. В целом, можно сказать, что красная ветвь достаточно хорошо соответствует филогении.