Пакет EMBOSS. Программы парного выравнивания
Задание 1.
Вес выравнивания, полученного при выполнении задания №1 Практики №5
| seq1 | V | I | C | N | A | S | - | V | - | E | D | R | V | P | P | F | L | R | G | G | G | K |
| seq2 | V | I | T | N | N | S | I | V | W | E | Q | R | V | P | R | L | L | - | G | G | G | K |
| 4 | 4 | -1 | 6 | -2 | 4 | -12 | 4 | -12 | 5 | 0 | 5 | 4 | 7 | -2 | 0 | 4 | -12 | 6 | 6 | 6 | 5 |
Задание 2
Вес выравнивания, полученного программой stretcher
| seq1 | V | I | C | N | A | S | V | - | - | E | D | R | V | P | P | F | L | R | G | G | G | K |
| seq2 | V | I | T | N | N | S | I | V | W | E | Q | R | V | P | R | L | L | - | G | G | G | K |
| 4 | 4 | -1 | 6 | -2 | 4 | 3 | -12 | -2 | 5 | 0 | 5 | 4 | 7 | -2 | 0 | 4 | -12 | 6 | 6 | 6 | 5 |
Вывод:
Выравнивания и их веса не совпали, т.к. я, создавая выравнивание, основывалась только на совпадении букв и не учитывала , что выгоднее сделать два гэпа подряд.Задание 3
Результаты выравниваний , сделанных с помощью программ needle и water (полное и самое оптимальное частное выравнивания соответственно) :
1. Участки последовательностей (от–до), вошедшие в частичное выравнивание: 1-237 (RNPH_BACSU) и 1-236 (RNPH_GEOLS)2. На данном участке локальное выравнивание и глобальное совпадают .
3. Больший вес имеет локальное выравнивание (локальное-731, глобальное-729) Я считаю,что вес оптимального глобального выравнивания не может быть больше веса оптимального локального выравнивания (при тех же параметрах) Потому, что в глобальном выравнивании всегда будет больше гэпов ( за исключением случая , когда они вообще полностью совпадают), а следовательно и больше штрафов.
Дополнительные задания
1.
2.Выравнивание полностью совпало с локальным , но его вес меньше ( 727 ), т.к. взяты другие параметры для выравнивания, в частности другие штрафы за гэпы ( при локальном выравнивании штраф за первый гэп -10, а при данном выравнивании -14).
Ссылка на выравнивание
© Алиса Муравьева. Все права защищены.