В качестве вируса был выбран White-eye coronavirus HKU16, координаты генов приведены в таблице 1
Таблица 1
| Ген | Координаты |
| orf1ab | 511..19397 |
| S | 19379..22918 |
| E | 22912..23160 |
| M | 23153..23809 |
| NS6 | 23809..24090 |
| N | 24115..25158 |
| NS7a | 24143..24811 |
| NS7b | 25139..25270 |
Были получены upstream последовательности до гена orf1ab и для всех 7 поздних генов
Ссылка на файл с последовательностями
Последовательности были обработаны с помощью MEME Suit, в результате были получены мотивы (рис.1)
рис.1
Во всех последоательностях встречается мотив GCARKAMA. E-value было достаточно большим, поэтому было проведено ещё несколько итераций с небольшими изменениями настроек, но мотив практически не изменился