"Блоки и мотивы: программы MEME и MAST"

№1 Поиск мотивов программой MEME

  • Найдено 3 мотива.
  • Мотив 1, 2 и 3 были найдены во всех последовательностях.
  • Координаты и p-value мотивов в последовательности белка glsa1_bacsu:

    Motif 1 87-137 p-value: 1.97e-49

    Motif 2 231-281 p-value: 8.53e-51

    Motif 3 166-216 p-value: 7.55e-48

  • Длины и e-value мотивов:

    Motif 1 width = 50 e-value: 3.9-151

    Motif 2 width = 50 e-value: 2.1-147

    Motif 3 width = 50 e-value: 2.0e-118

    №2 Сравнение блоков (частичных выравниваний), найденных MEME, c полным выравниванием, выданным muscle

    Участок выравнивания, содержащий сайт первого мотива

    Участок выравнивания, содержащий сайт второго мотива

    Участок выравнивания, содержащий сайт третьего мотива

    В принципе, выравнивания построенные muscle похожи на то, что построил MEME, но в muscle имеется такой эффект, что сайт одного белка "съехал" относительно других, причём это наблюдается во всех выравниваний muscle, и причём во всех случаях на своём месте относительно MEME остался сайт белка GLSA_OCEIH. Возможно, сдвиги обусловлены дополнительными гэпами. А это, в свою очередь, вызвано принципами работы программ: muscle - полное выравнивание, MEME - частичное.

    №3 Поиск найденных мотивов в других последовательностях

    Выдача MAST
  • Во всех 17 белках были найдены все 3 мотива (17 из 17).
  • В принципе, выравнивание, взятое из Pfam соответствует мотивам, но имеются и небольшие несоответствия. Так, например, мотив второй в Pfam имеет концовку MACVP, когда как данным мотив в Meme имеет на месте C либо A либо V. Но, на мой взгляд, это не очень существенное отличие.