Занятие 3. Филогенетические деревья

#1 Оценка достоверности реконструированной топологии с помощью бутстреп-анализа

Для бутстреп-анализа были проведены следующие действия:
fseqboot aligment.fasta -auto (создает 100 бутстреп-реплик выравнивания) -outfile aligment.fseqboot
fdnaml aligment.fseqboot -auto (создает ali.treefile, в котором 100 скобочных формул, соответствующих реконструкциям, сделанным по каждому из выравниваний) -outfile aligment.fdnaml
fconsense aligment.treefile -auto (создает файл, в который будут помещены результаты бутстреп-анализа.) -outfile res.fconsense
В результате было получено следующее дерево:


                       +------F
                +100.0-|
         +100.0-|      +------E
         |      |
  +------|      +-------------D
  |      |
  |      |             +------A
  |      +-------100.0-|
  |                    +------B
  |
  +---------------------------C
   
   
A B C D E F
. . * * * *
. . . * * *
. . . . * *

Числа на ветвях — бутстреп-значения, отображает сколько раз подобная ветвь встретилась в построенных программой деревьях. Тоесть это показатель достоверности предсказанной ветви. В нашем случае везде стоит 100, тоесть три отмеченные ветви встретились во всех деревьях. В итоге: показания neibor-joining алгоритма и метода максимального правдоподобия (см. прошлое задание) подтверждаются бутстреп-анализом. Это позволяет заявить, что, с большой степенью вероятности, они достоверны. Это подтверждается сравнением с исходным деревом.

#2 Изображение филогенетического дерева в графическом формате


На иллюстрации представленно исходное дерево. Неукорененное. Подобная интерпретация не очень удобна для работы, поскольку человеку проще понять укорененное дерево.