На данной странице представлен практикум по сравнению программ построения филогенетических деревьев и по анализу таксономии бактерий, выбранных в предыдущем практикуме.
1) Анализ таксономии:
Для анализа таксономического расоложения все выбранные в предыдущем практикуме бактерии были найдены в таксономическом браузере NCBI. В таблице 1 прредставленны таксономические группы, к которым относится каждая бактерия.
| Мнемоника: | Вид: | Семейство: | Порядок: | Класс: | Отдел: |
|---|---|---|---|---|---|
| ACIC1 | Acidothermus cellulolyticus | Acidothermaceae | Acidothermales | Actinomycetia | Actinobacteria |
| ARTS2 | Arthrobacter sp. | Micrococcaceae | Micrococcales | Actinomycetia | Actinobacteria |
| BIFLO | Bifidobacterium longum | Bifidobacteriaceae | Bifidobacteriales | Actinomycetia | Actinobacteria |
| LEIXX | Leifsonia xyli | Microbacteriaceae | Micrococcales | Actinomycetia | Actinobacteria |
| MYCLE | Mycobacterium leprae | Mycobacteriaceae | Corynebacteriales | Actinomycetia | Actinobacteria |
| NOCSJ | Nocardioides sp. | Nocardioidaceae | Propionibacteriales | Actinomycetia | Actinobacteria |
| RUBXP | Rubrobacter xylanophilus | Rubrobacteraceae | Rubrobacterales | Rubrobacteria | Actinobacteria |
| THEFY | Thermobifida fusca | Nocardiopsaceae | Streptosporangiales | Actinomycetia | Actinobacteria |
Анализируя таксономию данных бактерий были выделены несколько нетривиальных ветвей, которые соответсвуют существующим таксонам с общепринятыми названиями:
- Все дерево (т.е. {THEFY, ACIC1, NOCSJ, ARTS2, LEIXX, BIFLO, MYCLE, RUBXP}) соответствует отделу Actinobacteria;
- Ветвь {THEFY, ACIC1, NOCSJ, ARTS2, LEIXX, BIFLO, MYCLE} соответствует классу Actinomycetia;
- Ветвь {ARTS2, LEIXX} соответствует порядку Micrococcales;
На рисунке 1 подписаны ветви дерева, соответствующие некоторым общепринятым таксонам и отделяющие их от других ветвей.
