Ссылка на проект Jalview

1a. В пяти выровненных последовательностях из практикума 9 я нашла три блока. Абсолютно консервативных позиций было немного, поэтому блоков тоже вышло мало, они все довольно короткие, и в них мало абсолютно консервативных позиций. Блоки отмечены буквой b (Рис.1):

Рис.1

1b. Далее я отметила один блок для 4 последовательностей из пяти (A0A077LGR2_9PSED, GCSH_BARBK, K7VY46_9NOST, N8TN49_ACIGI). Он отмечен буквой h (Рис.2). В глаза бросается высокое сходство последовательностей внутри блока, и отсутствие сходства с последовательностью, не входящей в этот блок (Q8DZP1_STRA5). Из этого можно сделать вывод, что аминокислоты, входящие в один столбец внутри блока, гомологичны. Например, гомологичны аминокислоты (W, Y), (A, I, V, L), (E, D), (K, R). В пользу их гомологичности также говорит сходство их строения, функциональных групп и свойств. С натяжкой можно сказать о гомологии (A, F), так как они мало похожи, и я не могу судить о гомологии (K, R, N), так как аспарагин абсолютно не похож ни на лизин, ни на аргинин.

Рис.2

2a. Для самого длинного блока (13 остатков) были посчитаны:

Число абсолютно консервативных позиций - 4

процент абсолютно консервативных позиций - 30.77%

число абсолютно функционально консервативных - 3

процент абсолютно функционально консервативных - 23.08%

2b. Для самого длинного (48 остатков) участка выравнивания, не входящего в состав блоков (на рис.1 отмечен буквой х), посчитаны:

число позиций с гепами - 12

процент позиций с гепами - 25%

4. Для самого длинного блока:

Консенсусная последовательность	>Consensus/1-13 Percentage Identity Consensus IYSPISGEVVEVN
Лого
5. Паттерн	[IVL]-[YNHL]-[AS]-P-[ILV]-[ADST]-G-[ETK]-V-[IV]-[AEK]-[IVR]-N

6. В выравнивание добавлена негомологичная последовательность R4JHF7_BACPU и выровнена с остальными программой Muscle. Полученное выравнивание на Рис.3. В блоках найдено 6 совпадений новой последовательности с функционально консервативными позициями предыдущего выравнивания. Это 23% от кол-ва столбцов во всех блоках первого выравнивания.

Рис.3

7. Я построила выравнивание 7 заведомо негомологичных друг другу белков программой Muscle. Затем я попыталась найти в нем блоки, но их там не оказалось. Блоков из части последовательностей тоже не было. Кол-во абсолютно консервативных столбцов - 0, функционально консервативных - 2 (при длине выравнивания 491 это составляет 0.4%), но их наличие это, скорее всего, случайность, так как они состоят из распространенных аминокислот типа L, V, I. Столбцов с гэпами 284, то есть 57.8%. В общем, видимо, все эти черты характерны для выравнивания негомологичных белков.