На главную страницу

На главную страницу четвёртого семестра

Предсказание топологии мембранного белка Aquaporin-1 (AQP1_HUMAN; P29972).

Гиперссылка на файл *.xls, в котором представлены и график и таблица "Топология белка Aquaporin-1"

Гиперссылка на документ с копией выходного файла программы ТМНММ.

Гиперссылка на файл marking.msf.

                                                                                                                                                                                         
                                            *                 2 0                   *                 4 0                   *                 6 0                   *                    
A Q P 1 _ H U M A N   :   A S E F K K K L F W R A V V A E F L A T T L F V F I S I G S A L G F K Y P V G N N Q T A V Q D N V K V S L A F G L S I A T L A Q S V G H I S G A H L   :     7 4
_ A Q P 1 _ H U M A   :   A S E F K K K L F W R A V V A E F L A T T L F V F I S I G S A L G F K Y P V G N N Q T A V Q D N V K V S L A F G L S I A T L A Q S V G H I S G A H L   :     7 4
/ A Q P 1 _ H U M A   :   A S E F K K K L F W R A V V A E F L A T T L F V F I S I G S A L G F K Y P V G N N Q T A V Q D N V K V S L A F G L S I A T L A Q S V G H I S G A H L   :     7 4
p d b                 :   - - - - - - - - H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H - - - - - - - - - - - H H H H H H H H H H H H H H H H H H H - - - - - - -   :     4 8
                                  + + +       +                                               +                             +                                                            
                                                                                                                                                                                         
                                  8 0                   *               1 0 0                   *               1 2 0                   *               1 4 0                            
A Q P 1 _ H U M A N   :   N P A V T L G L L L S C Q I S I F R A L M Y I I A Q C V G A I V A T A I L S G I T S S L T G N S L G R N D L A D G V N S G Q G L G I E I I G T L Q L   :   1 4 8
_ A Q P 1 _ H U M A   :   N P A V T L G L L L S C Q I S I F R A L M Y I I A Q C V G A I V A T A I L S G I T S S L T G N S L G R N D L A D G V N S G Q G L G I E I I G T L Q L   :   1 4 8
/ A Q P 1 _ H U M A   :   N P A V T L G L L L S C Q I S I F R A L M Y I I A Q C V G A I V A T A I L S G I T S S L T G N S L G R N D L A D G V N S G Q G L G I E I I G T L Q L   :   1 4 8
p d b                 :   - H H H H H H H H H H H - - - H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H - - - - - - - - - - - - - - - - - - - H H H H H H H H H H H H H H H   :     9 9
                                                                                                                              +                                                          
                                                                                                                                                                                         
                            *               1 6 0                   *               1 8 0                   *               2 0 0                   *               2 2 0                
A Q P 1 _ H U M A N   :   V L C V L A T T D R R R R D L G G S A P L A I G L S V A L G H L L A I D Y T G C G I N P A R S F G S A V I T H N F S N H W I F W V G P F I G G A L A   :   2 2 2
_ A Q P 1 _ H U M A   :   V L C V L A T T D R R R R D L G G S A P L A I G L S V A L G H L L A I D Y T G C G I N P A R S F G S A V I T H N F S N H W I F W V G P F I G G A L A   :   2 2 2
/ A Q P 1 _ H U M A   :   V L C V L A T T D R R R R D L G G S A P L A I G L S V A L G H L L A I D Y T G C G I N P A R S F G S A V I T H N F S N H W I F W V G P F I G G A L A   :   2 2 2
p d b                 :   H H H H H H H H H - - - - - - - - - H H H H H H H H H H H H H H H H H H - - - - - - - H H H H H H H H H H H H H - - - - - H H H H H H H H H H H H H   :   1 5 2
                                            + + + +                                                                 +                                                                    
                                                                                                                                 
                                        *               2 4 0                   *               2 6 0                            
A Q P 1 _ H U M A N   :   V L I Y D F I L A P R S S D L T D R V K V W T S G Q V E E Y D L D A D D I N S R V E M K P K   :   2 6 8
_ A Q P 1 _ H U M A   :   V L I Y D F I L A P R S S D L T D R V K V W T S G Q V E E Y D L D A D D I N S R V E M K P K   :   2 6 8
/ A Q P 1 _ H U M A   :   V L I Y D F I L A P R S S D L T D R V K V W T S G Q V E E Y D L D A D D I N S R V E M K P K   :   2 6 8
p d b                 :   H H H H H H H H H - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -   :   1 6 1
                                              +             +   +                                       +       +   +            
(красным цветом выделены аминокислотные остатки входяшие в тансмембранные участки, синим - аминокислотные остаки находяшиеся внутри структуры, ограниченной этой мембраной, розовым - остатки, которые я приписал к трансмембранным из-зи их гидрофобности)

Таблица "Сравнение предсказанных топологий и положения белка Aquaporin-1 в мембране"

  По профилю гидрофобности TMHMM
Всего предсказано (N) 160 135
Из них      
  А. По данным ОРМ находятся внутри мембраны 121 108
  В. Из них - "торчащие" из мембраны остатки на концах спиралей(по 3-D структуре) 10 12
  С. Вообще не имеют никакого отношения к трансмембранным спиралям 29 15
D. Число непредсказанных остатков, которые по данным ОРМ находятся в мембране. 0 18
Точность предсказания, A/N 0,756 0,8
Сверхпредсказание, C/N 0.181 0.094
Недопредсказание, D/(L-N), где L-длина последовательности 0 0.167
 Проанализровав таблицу "Сравнение предсказанных топологий и положения белка Aquaporin-1 в мембране", можно сделать вывод что данные методы в общих чертах предскзывают трёхмерную структуру мембранных белков, но использование этих методов даёт нам лишь придлизительную картину истины. И при использовании в работе эти методы не является достаточными и требуют дополнительных данных.

© Бабаян Тигран, 2005