Практикум 2

Cравнительный анализ канонической ДНК и стеблей тРНК

Задание 1

С помощью программы fiber в пакете 3DNA построены A-, B-, и Z-формы фрагмента GATC повторенного 5 раз.

1)GATC-a.pdb ссылка

1)GATC-b.pdb ссылка

1)GATC-z.pdb ссылка

Задание 2

Я рассматривал А-форму днк, я рассмотрел 8ой нуклеотид который являлся тимином, красным покрашены атомы смотрящие в сторону большой бороздки, синей смотрящие в сторону малой.

▪ В сторону большой бороздки направдены атомы C4n.8, C5n.8, C6n.8
▪ В сторону малой бороздки направдены атомы N1.8, C2n.8, N3n.8

Responsive image
Рис. 1
A-форма B-форма Z-форма
Тип спирали правая правая левая
Шаг спирали (Å) 28.1 33.6 43.3
Число оснований на виток 11 10 12
Ширина большой бороздки (Å) 18.5 ([A]30:B.P-[T]15:A.P) 20.6 ([C]4:A.P-[C]32:B.P) 29.3 ([C]4:A.P-[G]31:B.P)
Ширина малой бороздки (Å) 9.6 ([C]4:A.P-[A]30:B.P) 13.2 ([C]32:B.P-[A]14:A.P) 14.3 ([G]31:B.P-[C]16:A.P)
Задание 3. Характеристики заданной структуры тРНК

1)С помощью программы find_pair и analyze был получен файл 1j1u_old.out. Торсионные углы, Средние значения торсионных углов соответсвующих нуклеотидов на стеблях напоминают значения торсимонных углов для А-формы днк.

2)Водородные взаимодействия. Так же исходя из данных работы программы analyze можно утверждать следущее:
▪ Первый стебель основан парами: 501-507 и 573-567. Второй стебель 550-554 и 566-562. Третий 537-545 и 536-528. Четвертый 510-513 и 526-523.

▪ Существуют следущие неканонические пары: U552-G564, U556-G529, A539-C535, A545-G527.

▪ Так же можно увидеть дополнительные водородные связи стабилизирующие третичную структуру тРНК. U555-A559, U556-G519, A514-U508, G515-C549, G520-C557