Практикум №11. Предсказание генов прокариот.

Аннотация последовательности, сравнение с аннотацией генов в GenBank.

Для выполнения задания был выбран геном фага Aeromonas phage pAh6-C

Таблица сравнения аннотаций из RAST и GenBank в Excel.

• Число генов в Genbank - 86
• Число генов в RAST - 85
• Число одинаково аннотированных генов - 74
• Число генов с одинаковым стоп-кодоном, но разным старт-кодонами - 10
• Число генов аннотированых только RAST - 0

 Разность аннотаций 1. Нет описания от GenBank.
  
             genbank	hypotetical protein AH6C_70	41418	41876	152
             rast	Phage protein	                41349	41876	-   
       

Рис.1. Похоже, что RAST прав.

Разность аннотаций 2. Нет описания от GenBank.
             
             genbank hypothetical protein AH6C_039	        26191	26562
             rast    Phage chromosome segregation protein	26191	26562
        

Рис.2. RAST довольно точный ответ (конкретный белок) но blastp не дает каких либо подтверждений

Разность аннотаций 3. Нет описания от GenBank.
               
              genbank hypothetical protein AH6C_066	        39124	39480
              rast    DNA polymerase, phage-associated	        39124	39480
         

Рис.3. Скорее всего RAST абсолютно прав.