Обзор структуры 6U5L

1. Структура в целом

Данная макромолекула является белком. Это структура человеческого ULK4 в комплексе с ингибитором. Ферменты ULK (UNC51-подобные) представляют собой семейство киназ млекопитающих, которые играют решающую роль в аутофагии и развитии.

Рис. 1. Общий вид хода остова фрагмента белковой цепи.

2. Описание отдельной цепи

Данная макромолекула относится к организму человека. Uniprot_id:Q96C45, название:Serine/threonine-protein kinase ULK4(Серин/треонин-протеинкиназа ULK4), функция: Может участвовать в ремоделировании компонентов цитоскелета, таких как альфа-тубулин, и таким образом регулирует ветвление и удлинение нейритов, а также подвижность клеток. Есть мутации две мутации относительно референса Uniprot: на 174 и 175 позициях-в обеих мутациях Лизин заменен на Аланин. Модифицированных аминокислотных остатков нет.

Рис. 2. Вторичные структуры в составе фрагмента

3. Малые молекулы

В записи есть 4 типа малых молекул: это лиганды 3RJ (N~2~-(1H-benzimidazol-6-yl)-N~4~-(5-cyclobutyl-1H-pyrazol-3-yl)quinazoline-2,4-diamine); PEG (DI(HYDROXYETHYL)ETHER); GOL (GLYCEROL), а также вода (HOH). На рисунке 3 представлено белковое окружение лиганда 3RJ

Рис. 3. Белковое окружение лиганда 3RJ

Ссылки на таблицы PDB:

4. Водородная связь, затрагивающая атомы остова белка

Рис. 4. Водородная связь в остове

5. Водородная связь, затрагивающая атомы боковых радикалов аминокислот

Рис. 5. Водородная связь в радикале

6. Солевой мостик

Рис. 6. Фрагмент с солевым мостиком

Предположительно солевой мостик (длина подходящая)

7. Дисульфидная связь

Рис. 7. Цистеины и метионины белка

Дисульфидные связи отсутсвуют

8. Стекинг

Рис. 8. Участок с возможным стекингом

9. Ферментативная активность

EC: 2.7.11.1 класс ферментов

Структура 6U5LАктивируемая окислительным стрессом серин/треониновая киназа, которая может играть роль в реакции на стресс окружающей среды. Направлен на аппарат Гольджи, где он, по-видимому, регулирует транспортировку белков и другие процессы, обеспечивающие миграцию клеток.

ATP + L-seryl-[protein] <=> ADP + H(+) + O-phospho-L-seryl-[protein]
ATP + L-threonyl-[protein] <=> ADP + H(+) + O-phospho-L-threonyl-[protein]

Об аминокислотном составе каталитического центра на странице белка в PDB никакой информации обнаружено не было. Видимо, фермент недостаточно изучен для того чтобы в аннотации была строка, показывающая взаимодействие молекул с активным центром

Вот что говорится в комментарии к данномуклассу ферментов: Это гетерогенная группа серин/треониновых протеинкиназ, которые не имеют активирующего соединения и либо неспецифичны, либо их специфичность до настоящего времени не анализировалась

Рис. 9. Аннотация последовательности фермента 6U5L

Рис. 10. Окружение (до 5 ангстрем) сайта связывания ингибитора(предположительно) 3RJ с ферментом

Рис. 11. 3RJ связывается с GLU-76 и CYS-78