На главную
Простейший профиль: частотная матрица.
Файл с находками.
Файл, выданный программой prophecy, выглядит как таблица, где по вертикали стоят позиции выравнивания,
а по горизонтали - аминокислоты, в клетках - количество таких аминокислотных остатков в данной позиции.
Находок с весом не меньше 30 - 6204;
с весом не меньше 40 - 809;
не меньше 50 - 745;
60 - 551;
70 - 225;
80 - 126;
90 - 85;
100 - 39.
Чувствительность и селективность паттерна из прошлого задания - 100%. Если взять порог 90, то селективность - 100%,
чувствительность - 57%. Таким образом, профиль гораздо слабее паттерна.
Согласно ROC-кривой, оптимальный порог - 61. Чувствительность - 98%, селективность - 30%.
© Червонцева,2011