Gene Ontology

1.

Описание функции белка PPAC_BACSU в соответствии с GO-аннотацией

  Онтология GO (название словаря) Количество разных ассоциированных терминов GO Функция белка
(краткое описание, близкое к тексту определения термина(ов) GO
Где? cellular component (C) 1 находится в цитоплазме
Зачем, для чего? molecular function (F) 5 1) Неорганическая дифосфатаза. Катализирует реакцию дифосфат+вода=протон+2*фосфат. Еще два термина - пирофосфотаза и гидролаза являются более общими понятиями.
2) Связывание ионов марганца. Селективно и нековалентно взаимодействует с ионами марганца.
Молекулярный механизм? biological process (P) 0 -
Специфичность?     селективно взаимодействует с ионами марганца

Описание терминов GO

GO ID выбранного термина Список синонимов Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи
GO:0016787 таковых нет is_a
  • GO:0003674 - молекулярная функция.
  • GO:0003824 - каталитическая активность.
  • GO:0003832 - бета-аланил-дофамин гидролаза.
  • GO:0031964 - бета-аланил-гистамин гидролаза.
  • GO:0051747 - цитозин С-5 ДНК деметилаза.
  • GO:0019213 - деацетилаза.
  • GO:0003923 - GPI-якорная трансамидаза.
  • GO:0016817 - гидролаза ангидридов кислот.
  • GO:0016822 - гидролаза углерод-углеродных связей в кислотах.
  • GO:0016827 - гидролаза углерод-фосфорных связей в кислотах.
  • GO:0016824 - гидролаза галоидных связей в кислотах
  • GO:0016825 - гидролаза фосфоро-азотных связей в кислотах.
  • GO:0016826 - гидролаза серо-азотных связей в кислотах.
  • GO:0016828 - гидролаза связей сера-сера в кислотах.
  • GO:0016810 - гидролаза азот-углеродных непептидных связей.
  • GO:0046508 - гидролаза серо-углеродных связей.
  • GO:0016788 - гидролаза сложноэфирных связей.
  • GO:0016801 - гидролаза связей простых эфиров.
  • GO:0016798 - гидролаза гликозильных связей.
  • GO:000823 - пептидаза.
  • GO:0017171 - серин-гидролаза.
    • GO:0004427
  • Дифосфат-фосфогидролаза.
  • Неорганическая пирофосфотаза.
  • Пирофосфат-фосфогидролаза.
  • GO:0003674 - молекулярная функция.
  • GO:0003824 - каталитическая активность.
  • GO:0016787 - гидролаза.
  • GO:0016817 - гидролаза ангидридов кислот.
  • GO:0016818 - гидролаза фосфорсодержащих ангидридов кислот.
  • GO:0016462 - пирофосфатаза.
    		• таковых нет
    GO:0005737 таковых нет
  • GO:0005575 - клеточный компонент.
  • GO:0005623 - клетка.
  • GO:0044464 - часть клетки.
  • GO:0005622 - внутриклеточное.
  • GO:0044424 - внутриклеточная часть.
  • GO:0044444 - часть цитоплазмы.
  • GO:0045495 - полюсная цитоплазма.
  • GO:0016528 - саркоплазма.
    		•






    2. 
    Oryza (lat), Rice (eng), Рис (rus)
Taxonomy ID: 4527
Рейтинг таксона: род
Синоним: Oryza L


     
      
    Соотношение между реальными и гипотетическими белками из Oryza (по данным UniProt) 
     
    
     
        
      Количество в UniProt  
      Количество в UniRef100 
     
     
     
     
      Существование белка доказано экспериментально (1: evidence at protein level) 
       0 
       0 
      
     
       
     
      Известны только соответствующие транскрипты (2: evidence at transcript level) 
       5 
       5 
      
     
      
     
      Гипотетический белок, предсказан по гомологии (3: inferred from homology) 
       161 
       139 
      
     
      
     
      Иные предсказанные гипотетические белки (4: predicted) 
       71 
       68 
      
     
   
     

Гипотетических белков значительно больше, чем эксперементально подтвержденных.

3.
Описание протеома бактерии Mycoplasma mobile 163K:

  • количество генов, кодирующих белки - 628. Данные незначительно расходятся с UniProt (629)
    • 

  • 68% записей приписан хотя бы один термин GO
    • 

  • чаще всего встречаются термины из словаря функций:
 
    • 

  • самые часто встречающиеся:   
    

  •     GO:0005737 - из С, cytoplasm
    • 

  •     GO:0005524 - из F, ATP binding 
    • 

  •     GO:0006412 - из P, translation 
    • 

  •     GO:0003735 - из F, structural constituent of ribosome 
    • 

  • файл с таблицами 
    • 

 
4.
Получение выборки последовательностей белков с заданной функцией: биосинтез пуринов.

Был выбран следующий термин GO:
GO:0072522 : purine-containing compound biosynthetic process
Таких белков в таксоне Oryza не оказалось.
Запрос SRS - ([uniprot-NCBI_TaxId:4527*] > ([uniprot-DbName:GO*] & [uniprot-DBxref:GO:0072522*]))







    
© Червонцева,2011