Рис.1. Филогенетическое дерево 12S рРНК, построенное программой fastme по модели MtREV.
В этом практикуме я строил деревья по последовательностям малой рРНК митохондриальных рибосом 10 видов животных. По возможности я старался рассматривать те же виды, что и в прошлом практикуме; для трех видов мне не удалось найти последовательности 12S рРНК в ENA, поэтому я включал их ближайших родственников: вместо Hypseleotris compressa - H. cyprinoides, вместо Hystrix africaeaustralis - H. indica, вместо Sarcophyton glaucum - Alcyonium digitatum (оба вида принадлежат к семейству Alcyoniidae).
| Вид | Мнемоника |
| Channa asiatica | CHAAI |
| Hypseleotris cyprinoides | HYPCY |
| Mytilus edulis | MYTED |
| Petromyzon marinus | PETMA |
| Lampetra fluviatilis | LAMFL |
| Metridium senile | METSE |
| Alcyonium digitatum | ALCDI |
| Hystrix indica | HYSIN |
| Apis mellifera ligustica | APILI |
| Caiman crocodilus | CAICR |
| Spongia officinalis | SPOOF |
Рис.1. Филогенетическое дерево 12S рРНК, построенное программой fastme по модели MtREV.
В отличие от цитохромов b, дерево для 12S рРНК содержит несколько ошибок: млекопитающее Hystrix indica помещено в одну кладу с круглоротыми Petromyzon marinus и Lampetra fluviatilis, а вся эта клада представлена как сестринская по отношению к костистой рыбе Channa asiatica; в реальности Hystrix indica образует кладу с Caiman crocodilus, а круглоротые должны быть сестринской ветвью для челюстноротых, представленных здесь Channa asiatica, Hypseleotris cyprinoides, Hystrix indica и Caiman crocodilus. Кроме того, из дерева не ясен порядок разделения ветвей Ecdysozoa, представленной здесь Apis mellifera ligustica, Lophotrochozoa (Mytilus edulis) и Deuterostostomia (все остальные, кроме Alcyonium digitatum и Metridium senile).
Рис.2. Это же дерево, дополненное представителем внешней группы - Spongia officinalis, тип Porifera.
Добавление внешней группы не сильно изменило вид дерева: H. indica был выделен из клады, включающей костистых рыб и круглоротых, в отдельную ветвь, но все равно остался ближе к рыбам, чем к кайману; кроме того, на новом дереве из одного узла выходят сразу 4 ветви - Cnidaria (Alcyonium digitatum и Metridium senile), Ecdysozoa, Lophotrochozoa и Deuterostostomia. Еще одно отличие нового дерева - изменение длины ветвей, причем длина ветви, ведущей к Channa asiatica, даже стала отрицательной.
Рис.3. Это же дерево, построенное с использованием 100 реплик бутстрепа.
Наиболее высокую поддержку имеет верно реконструированная ветвь, объединяющая круглоротых; в то же время такая же правильная ветвь, объединяющая стрекающих, имеет поддержку 0, а ветвь, объединяющая костистых рыб и круглоротых, имеет поддержку 34. Таким образом, предположение о том, что неправильно реконструированные ветви имеют более низкую поддержку, в целом неверно.
