Практикум 3

Для животных из первого практикума были получены последовательности 12s рРНК из EMBL с помощью программы seqret. Далее для последовательностей выполнились такие же действия, что и в практикуме 2. Далее программой IQ-Tree было построено дерево

Рис.1.
Рис. 1. Дерево, построенное при помощи IQ-Tree по последовательностям CytB.
Рис.2.
Рис. 2. Дерево, построенное при помощи FastMe MTrev по последовательностям CytB.
Рис.3.
Рис. 3. Дерево, построенное при помощи FastMe p-distance по последовательностям CytB.
Рис.4.
Рис. 4. Дерево, построенное по таксономии по последовательностям CytB.
Рис.5.
Рис. 5. Дерево, построенное по последовательностям 12S rRNA с помощью IQ-Tree.
Рис.6.
Рис. 6. Дерево, построенное по последовательностям 12S rRNA, укорененное по последовательности 12s рРНК .
Рис.7.
Рис. 7. Дерево, построенное по последовательностям 12S rRNA с помощью IQ-Tree c помощью FastMe MTrev со 100 репликами бутстрепа.

Стоит сказать, что при построении дерева по последовательностям 12s rRNA, ветвь, содержащая Псовых (Canidae): Canis lupus (Gray wolf, CANLU) и Vulpes lagopus (Arctic fox, VULLA) всегда оказывается менее базальной по сравнению с ветвью на дереве, построенному по таксономии. Но зато такое распределение совпадает с деревом по последовательностям цитохромов В. Если быть точнее, то семейство Псовых меняется местами с ветвью отряда Ластоногие (Pinnipedia) (Atlantic walrus, ODORR и Harbor seal, PHOVI).

При укоренении деревьев во внешнюю группу по последовательности 12s рРНК, был выбран организм Mus musculus. Этот вид относится к надотряду Euarchontoglires, отряду Rodentia, тогда как остальные -- к надотряду Laurasiatheria, отряду Carnivora.

При построении дерева с репликами бутстрепа видно, что наименьшую поддержку имеет ветвь, ведущая к инфраотряду Arctoidea (Медведеобразные) и ветвь, ведущая к подотряду Собакообразные (Caniformia). Это странно, учитывая что по таксономии они находятся очень близко друг к другу. Видимо, деревья, построенные по последовательности рРНК, могут не отражать истинный ход эволюции из-за консервативности 12s рРНК. Все остальные клады имели высокий уровень поддержки ветвей и были расположены правильно.