Правильная скобочная структура дерева: (A:90, (B:80, ((C:60,D:60):10,(E:60,F:60):10):10):10)
По данной структуре было построено дерево:
Корнем данного дерева является ген sdhA из E.coli. Цифры на дереве обозначают количество нуклеотидных замен на 100 нуклеотидов. Для построения эволюционной модели, отвечающей данному дереву, была использована программа msbar из пакета программ EMBOSS. Был использован следующий скрипт:
msbar I.fasta A.fasta -point 4 -count 1590 -auto msbar I.fasta 1.fasta -point 4 -count 177 -auto msbar BF.fasta B.fasta -point 4 -count 1414 -auto msbar BF.fasta 2.fasta -point 4 -count 177 -auto msbar CF.fasta CD.fasta -point 4 -count 177 -auto msbar CD.fasta C.fasta -point 4 -count 1060 -auto msbar CD.fasta D.fasta -point 4 -count 1060 -auto msbar CF.fasta EF.fasta -point 4 -count 177 -auto msbar EF.fasta E.fasta -point 4 -count 1060 -auto msbar EF.fasta F.fasta -point 4 -count 1060 -auto
Определение эволюционного расстояния между нуклеотидными последовательностями
Сравнение методов реконструкции деревьев
Анализ филогенетических деревьев
Назад
Главная страница