На главную страницу третьего семестра

Моделирование эволюции гена белка PHOB_ECOLI

Модельное филогенетическое дерево

На основе скобочной формулы (((А:35,В:35):35,(С:30,D:30):40):30,(Е:45,F:45):55); было построено следующее укорененное ультраметрическое дерево:

Ген белка PHOB_ECOLI является корнем этого дерева.
Расстояния указаны как число мутаций на 100 нуклеотидных остатков.

Длина гена: 690 нуклеотидных пар оснований

Дополнительная информация и другие типы изображения данного филогенетического дерева находятся здесь .

Построение эволюционной модели

C учетом числа замен на длину нуклеотидной последовательности белка PHOB_ECOLI были получены мутантные последовательности, соответствующие всем узлам и листьям дерева, которое описывается скобочной формулой
(((А:242,В:242):242,(С:207,D:207):276):207,(Е:311,F:311):380);.
Для этой цели был использован следующий скрипт:

msbar X.fasta X1.fasta -point 4 -count 207 -auto 
msbar X.fasta X4.fasta -point 4 -count 380 -auto 
msbar X4.fasta E.fasta -point 4 -count 311 -auto 
msbar X4.fasta F.fasta -point 4 -count 311 -auto 
msbar X1.fasta X2.fasta -point 4 -count 242 -auto
msbar X1.fasta X3.fasta -point 4 -count 276 -auto
msbar X2.fasta A.fasta -point 4 -count 242 -auto 
msbar X2.fasta B.fasta -point 4 -count 242 -auto 
msbar X3.fasta C.fasta -point 4 -count 207 -auto 
msbar X3.fasta D.fasta -point 4 -count 207 -auto 
echo Mutations are done!