Сравнение протеомов

Сравнение частоты аминокислотных остатков в протеомах Agrobacterium fabrum и Escherichia coli

Таблица 1. Краткая информация о протеомах

Организм

Идентификатор
протеома

Число
белков

Количество
аминокислотных остатков

Agrobacterium fabrum (strain C58) UP000000813 5,344 1660809
Escherichia coli (strain K12) UP000000625 4,313 1351622

Таблица 2. Сравнение протеомов

Остаток

Процент в протеоме
A. fabrum, %

Процент в протеоме
E. coli, %

Разность, %

All 100,0000 100,0000 0,0000
A 11,5723 9,5115 2,0607
C 0,7997 1,1609 -0,3632
D 5,5888 5,1491 0,4396
E 5,8160 5,7660 0,0501
F 4,0530 3,8927 0,1604
G 8,2660 7,3705 0,8965
H 2,0097 2,2677 -0,2580
I 5,7972 6,0098 -0,2126
K 3,8923 4,4057 -0,5135
L 9,9250 10,6758 -0,7508
M 2,6004 2,8225 -0,2221
N 2,9857 3,9369 -0,9512
P 4,7825 4,4283 0,3542
Q 3,1249 4,4434 -1,3185
R 6,5640 5,5186 1,0453
S 5,9458 5,7967 0,1491
T 5,3754 5,3940 -0,0186
U 0,0000 0,0002 -0,0002
V 7,3384 7,0731 0,2653
W 1,2522 1,5319 -0,2796
Y 2,3130 2,8447 -0,5317

У A. fabrum наиболее часто встречаются аланин (11,57%), лейцин (9,92%) и глицин (8,27%);

У E. coli наиболее часто встречаются лейцин (10,68%), аланин (9,51%) и глицин (7,37%);

Таким образом, качественный состав лидеров встречаемости не отличается, разница только в самом частом остатке,


Самая большая разница в сторону A. fabrum – по аланину: 2,06%; наибольшая разница в сторону E. coli – по глутамину: 1,32%.


Ссылка на таблицу Excel


Полезные ссылки:

Главная страница;

Профайл;

Учебные реалии, или список семестров;

Официальный сайт ФББ МГУ.


© Daniel Igumnov, 2018