Выравнивания белков E. coli и B. subtilis

RecName	ID 1	ID 2	% identity	% similarity	Gaps	Score	Indels
50S ribosomal protein L5	RL5_BACSU	RL5_ECOLI	59.2	82.7	0	607.0	0
Molybdopterin synthase catalytic subunit	MOAE_BACSU	MOAE_ECOLI	26.8	42.1	21	187.5	3
D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacB	DACB_BACSU	DACB_ECOLI	13.1	23.7	313	26.5	24

RecName	ID 1	ID 2	% identity	% similarity	Gaps	Score	Indels	% coverage 1	% coverage 2
50S ribosomal protein L5	RL5_BACSU	RL5_ECOLI	59.2	82.7	0	607.0	0	100.0	100.0
Molybdopterin synthase catalytic subunit	MOAE_BACSU	MOAE_ECOLI	35.1	53.5	0	201.0	0	72.6	76.0
D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacB	DACB_BACSU	DACB_ECOLI	23.7	35.6	55	53.0	8	51.6	39.0

Все пары белков: needle

Выравнивание негомологичных белков

Для этого выравнивания были выбраны две гидролазы: 5-гидроксилизоурата B. subtilis (Uniprot entry name: HIUH_BACSU) и пептидил-тРНК E. coli (Uniprot entry name: PTH_ECOLI).

	needle	water
% identity	7.1	32.4
% similarity	11.2	50.0
Gaps	174	5
Score	19.5	27.5
Indels	6	2
% coverage HIUH		27.2
% coverage PTH		16.5

Два фермента принадлежат к одному классу гидролаз, однако субстраты сильно различаются. Выравнивания имеют низкий Score. Однако есть сходный домен, который выявляется на локальном выравнивании. Для HIUHase есть информация об аминокислотных остатках, участвующих в в связывании субстрата, и ни один из трех остатков не попадает в выравнивание.

Проект jalview

Выравнивание каталитических субъединиц синтазы молибдоптерина (Molybdopterin synthase catalytic subunit) E. coli и B. subtilis.

Множественное выравнивание

По запросу "mnemonic:moae_*" в UniProtKB нашлась 41 запись. Две из них не имели MOAE_ (Q31NQ6_SYNP7 и MOAE1_MYCTU). Из оставшихся выбраны для выравнивания следующие:

• MOAE_BACSU Bacillus subtilis strain 168
• MOAE_ECOLI Escherichia coli strain K12
• MOAE_VIBCH Vibrio cholerae serotype O1
• MOAE_YERPE Yersinia pestis
• MOAE_RHIME Rhizobium meliloti strain 1021
• MOAE_STAAW Staphylococcus aureus strain MW2
• MOAE_THEVO Thermoplasma volcanium

Выравнивание каталитических субъединиц синтазы молибдоптерина (Molybdopterin synthase catalytic subunit) многих организмов.

Четкая структура в выравнивании имеется, можно выделить консервативные остатки и участки. Видимо, эти белки гомологичны, выделяется белок MOAE_THEVO. Это ожидаемо, учитывая то, что T. volcanium является археей.