Проводя поиск необходимой информации, данные для АТФ-синтазы преводились для митохондриальной. Однако поиск гена по сайту NCBI выдал данные только по крупному участку гена, кодирующего АТФ-синтазу (Brachionichthys hirsutus ATP synthase F1 subunit delta (atp5f1d), mRNA). Внутри этого гена располагается участок, кодирующий необходимую АТФ-синтазу. Но так как последовательность нуклеотидов не удалось найти независимо от крупного гена, митохондриальную последовательность пришлось вырезать из крупного гена. Митохондриальная Последовательность
Поиск BLAST фрагмента ДНК по другим таксонам, в моем случае Пчёлы (Apoidae) имел необычные результаты. Использовалось два метода: tblastn и blastn. Первый провел поиск по 29 базам и в выдоче представил 25 последовательностей. В то же время второй метод, вне зависимости от параметров алгоритма и метода, не выдал ни одного результата. Однако случайно было обнаружено, что при поиске по таксону пауков (Araneae) cуществует одна находка. В этом случае поиск проводится по 4 базам.
Выдача BLAST16S | format-7 | e-value_filter
Выдача BLAST23S | format-7 | e-value_filter
Для дальнейших задач использовались команды для локального выравнивания:
На сервере kodomo проведена работа с созданием и работой с локальной базой данных и алгоритмами BLAST. Для поисков находок по геному Brachionichthys hirsutus использовались последовательности, кодирующие 16S и 23S рибосомальные РНК. Для поиска гомологов был проведен алгоритм blastn и составлены промежуточные файлы. Выдача - краткая сводка с информацией о выравниваниях; format-7 - иное представление результатов; e-value_filter - содержит результаты только с хорошим e-value. Последняя таблица позволяет нам в лучшей мере проверить, являются ли обнаруженные алгоритмом находки - гомологами. Таким образом Brachionichthys hirsutus имеет 1 гомолог 16S рРНК c Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 strain K-12, в то время как с 23S рРНК имеется 6 гомологов.