Поиск δ-субъединицы АТФ-синтазы

Окрестности гена

Проводя поиск необходимой информации, данные для АТФ-синтазы преводились для митохондриальной. Однако поиск гена по сайту NCBI выдал данные только по крупному участку гена, кодирующего АТФ-синтазу (Brachionichthys hirsutus ATP synthase F1 subunit delta (atp5f1d), mRNA). Внутри этого гена располагается участок, кодирующий необходимую АТФ-синтазу. Но так как последовательность нуклеотидов не удалось найти независимо от крупного гена, митохондриальную последовательность пришлось вырезать из крупного гена. Митохондриальная Последовательность

BLAST для фрагмента ДНК

Поиск BLAST фрагмента ДНК по другим таксонам, в моем случае Пчёлы (Apoidae) имел необычные результаты. Использовалось два метода: tblastn и blastn. Первый провел поиск по 29 базам и в выдоче представил 25 последовательностей. В то же время второй метод, вне зависимости от параметров алгоритма и метода, не выдал ни одного результата. Однако случайно было обнаружено, что при поиске по таксону пауков (Araneae) cуществует одна находка. В этом случае поиск проводится по 4 базам.

Выдача tblastn

Выдача blastn

Поиск рибосомальной РНК

Выдача BLAST16S | format-7 | e-value_filter

Выдача BLAST23S | format-7 | e-value_filter

Для дальнейших задач использовались команды для локального выравнивания:

На сервере kodomo проведена работа с созданием и работой с локальной базой данных и алгоритмами BLAST. Для поисков находок по геному Brachionichthys hirsutus использовались последовательности, кодирующие 16S и 23S рибосомальные РНК. Для поиска гомологов был проведен алгоритм blastn и составлены промежуточные файлы. Выдача - краткая сводка с информацией о выравниваниях; format-7 - иное представление результатов; e-value_filter - содержит результаты только с хорошим e-value. Последняя таблица позволяет нам в лучшей мере проверить, являются ли обнаруженные алгоритмом находки - гомологами. Таким образом Brachionichthys hirsutus имеет 1 гомолог 16S рРНК c Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 strain K-12, в то время как с 23S рРНК имеется 6 гомологов.