1.
Создал профиль для поиска RdRP на основе фрагмента выравнивания из задания, выполненного в классе.
2.
Провел поиск по белкам вирусов из SwissProt. Взял все находки с весом >1.
3.
Построил РОС-кривую находок. Результаты 2.-3. в Exel
Формулы для расчета
1-СПЕЦИФИЧНОСТЬ:
=1-СЧЁТЕСЛИ(profile_psearch!H3:$H$380; "<>"&"Y")/СЧЁТЕСЛИ(profile_psearch!$H$1:$H$380; "<>"&"Y")
ЧУВСТВИТЕЛЬНОСТЬ:
=СЧЁТЕСЛИ(profile_psearch!H$1:H2; "Y")/СЧЁТЕСЛИ(profile_psearch!H$1:$H$380; "Y")
4.
Подобрал порог веса для отличения правильных находок от неправильных - 2,26.
Для этого порога:
Такой позитивный результат говорит о том, что фрагмент выравнивания, полученный в ходе выполнения задания в классе, был выбран удачно для построения по нему профиля и дальнейшего поиска гомологов.
