Гомологи белка
Все параметры по умолчанию, дополнительные параметры также по умолчанию. Поиск проводил по базе Reference proteins, так как на UniProtKB не нашлось ничего, кроме исходного белка
Ссылка на файл проекта в формате .jvp
Ссылка на файл текстовой выдачи в формате .txt
Все белки гомологичны между собой, так как почти на всей последовательности находятся консервативные участки, кроме белка у организма Methanosarcina sp. MTP4, у которого крайне малый консервативный участок.(этот белок я удалил)
Гомологи зрелого вирусного белка, вырезанного из полипротеина
- Я выбрал белок Polyprotein nsP1234 (ID: POLN_RRVT, AC:P13888).
- RNA-directed RNA polymerase nsP4 (РНК-зависимая РНК-полимераза), его последовательность образована остатками 539 - 1149 исходного полипептида.
Последовательность зрелого белка
Открыл файл последовательности зрелого белка через Jalview и добавил 6 последовательностей из выдачи Blast, и выравнял их
Исследование зависимости E-value от объёма банка
Все материалы 3 части практикума №10 ЗДЕСЬ
Появился еще один элемент Q05983.1 с E-Value: 0.043;
Q8JJX1.1 БЫЛО - 1e-131; СТАЛО - 4e-133;
Q8QL53.1 БЫЛО - 1e-131; СТАЛО - 5e-133;
Значения E-Value уменьшается от 20 до 25 раз. Эти значения прямопропорциональны размеру базы, следовательно вирусные белки составляют около 4,5% базы данных Swiss-Prot.