PyMOL

Задание 1.

1LMP - структура белка лизоцима в комплексе с трисахаридом.

С помощью PyMOL визуализировал структуру и оценил площадь взаимодействия белка с лигандом - выделил атомы белка на растоянии от лиганда меньше, чем 4.0Å, измерил площадь командой get_area. S = 511.007Ų. Потом внес мутацию в белок, которая по моему мнению должна привести к потере связывания лиганда: заменил Asp52 остатком тирозина.

Задание 2.

C помощью команд mset, mview, translate создал анимированный ролик:

...
set movie_auto_interpolate, off
set depth_cue, off
orient A
mset 1 x200
frame 1
translate [100,0,0], object=C
mview store, object=A
mview store, object=C
mview store

frame 50
move z, -100
mview store
mview store, object=C
mview store, object=A

frame 100
translate [-100,0,0], object=C
mview store
mview store, object=A
mview store, object=C

frame 150
move z, 100
orient A//A/58/
clip slab, 1000
move z,-150
mview store
mview store, object=A
mview store, object=C

frame 200
mview store
mview store, object=A
mview store, object=C
mview reinterpolate
mview reinterpolate, object=A
mview reinterpolate, object=C

Задание 3.

Создал полиаланиновую последовательность с помощью Build->Residue->Alanine и изогнул в форме валентинки в режиме Editing, правда получилось кривовато (прямые участки добавлял при помощи скрипта на Python).

Скрипт:
frag ala
python
for x in range(100):
        editor.attach_amino_acid("pk1","ala")
python end

Задание 4.

Написал скрипт для построения α-спирали, состоящий из 100 аланинов (взял φ = -65º и ψ = -45º для α-спирали):

frag ala
python
for x in range(3,102):
	curr = "/ala///ALA`%s/" % (str(x))
	prev = "/ala///ALA`%s/" % (str(x-1))
	cmd.edit(prev+"C")
	editor.attach_amino_acid("pk1","ala")
	cmd.set_dihedral(prev+"N", prev+"CA", prev+"C", curr+"N", -45.0) #psi
	cmd.set_dihedral(prev+"C", curr+"N", curr+"CA", curr+"C", -65.0) #phi
python end
orient ala

2011 ^©