Практикум №3

На главную На страницу третьего семестра

— — — — — — — —

Задание №1
Скачать файл с формой А
Скачать файл с формой В
Скачать файл с формой Z

Задание №2

Рассмотрим основание 8:А.

Была рассмотрена B-форма ДНК (1bna). В сторону малой бороздки обращены атомы: 7:B.N9, 7:B.C4, 7:B.N3, 7:B.C2, 7:B.N2
В сторону большой бороздки обращены атомы: 7:B.C8, 7:B.N7, 7:B.C5, 7:B.C6, 7:B.O6
Скачать файл нуклеотида

Данные структур ДНК

	А-форма	В-форма	Z-форма*
Тип спирали (правая или левая)	Правая	Правая	Левая
Шаг спирали (Å)	33.09	36.67	37.02
Число оснований на виток	13	11	10
Ширина большой бороздки (Å)	11.97 (3:B – 7:A)	17.77 (14:B – 8:A)	8.19 (4:A – 12:B)
Ширина малой бороздки (Å)	15.11 (10:B – 8:A)	9.99 (8:A – 21:B)	15.72 (3:A – 9:B)

*Для Z-формы нельзя точно померить шаг спирали и число оснований на виток, так как в образце дана только половина витка. Поэтому были взяты эти показатели и умножены на 2 (что на самом деле не очень точно).

Задание №3

В качестве образца тРНК была взята структура с PDB ID - 1J1U. Для ДНК - файлы из задания 1.

Торсионные углы (в градусах)

	Alpha	Beta	Gamma	Delta	Epsilon	Zeta	Chi
tRNA	-30,98	41,52	61,4	86,82	-143,75	-69,09	-145,99
A	-51,7	174,8	41,7	79,085	-147,795	-75,097	-157,2
B	-29,9	136,34	31,14	143,34	-140,8	-160,5	-97,99
Z	-48,821	21,12	-61,465	116,25	-100,237	4,721	-47,8

Судя по данным о торсионных углах, тРНК больше всего похожа на А-форму ДНК. С ней имеется радикальное различие только в одном случае, со всеми же остальными наблюдается довольно мало схожих показателей.

Скачать таблицу с расчётами средних углов.

Тяжи с каноническими взаимодействиями:

1. 501-507bp ----- 567-573bp
2. 540-544bp ----- 528-532bp
3. 510-513bp ----- 523-526bp
4. 550-554bp ----- 562-566bp

Неканонические взаимодействия:

1. 552_U -*--- G_564
2. 555_U -**-- A_559
   
3. 556_U -**+- G_519
4. 537_A -**-- U_534
   
5. 539_A -**-- C_533
6. 545_A -**-- G_527
7. 514_A -**-- U_508
   
8. 515_G -**+- C_549
   

Дополнительные водородные связи:

1. 520_G ----- C_557