<< BACK
Для выполнения этого задания я выбрал последовательности из практикума 10. Я построил выранивания этих последовательностей в программе Jalview, используя три разных алгоритма: Tcoffee (рис. 1), Muscle (рис. 2), Probcons (рис. 3). Так как первое и последнее оказались очень похожи, я буду детально сравнивать первые два выравнивания.
Рис 1. Выравнивание Tcoffee.
Рис 2. Выравнивание Muscle.
Рис 3. Выравнивание Probcons.
| Название алгоритма | Длина выравнивания | АКП | АКП, % | ФКП | ФКП, % |
| Tcoffee | 688 | 218 | 31,69 | 337 | 48,98 |
| Muscle | 680 - 686 | 212 | 30,9 | 331 | 48,04 |
| Probcons | 689 | 214 | 31,06 | 334 | 48,69 |
Видно, что выравнивание Tcoffee дает больше всего абсолютно консервативных позиций и функционально консервативных позиций, чем два других, а Muscle - меньше всего. В выравнивании Tcoffee остатки MAR в двух последовательностях посередине расположены напротив 1-3 остатков в других последовательностях. В выравнивании Muscle эти остатки стоят напротив 3-5. В первом случае это дает 100% консервативную позицию 1, 67% консервативную позицию 2 и 67% функционально консервативную позицию 3. во втором случае, имеется только 67% консервативность лизина и аргинина. Остатки S и T стоят в 77 позиции первого выравнивания, а во втором выравнивании стоят в 89 позиции напротив лизинов в двух последних последовательностях.78 позиция выравнивания Tcoffee занята остатками D и R (D составляют частично консервативную позицию), а в выравнивании Muscle остатки аспарагиновой кислоты стоят в 89-90 позициях. Остатки аланина (из двух последних последовательностей) в 676 позиции первого выравнивания, составляющие консервативную позицию, заменяются во втором выравнивании на остатки пролина.
Домен - это последовательный мотив во вторичной / третичной структуре белка, который остается для некоторой структурной, каталитической или связывающей функции. База данных Pfam предоставляет информацию обо всех известных белковых доменах и позволяет изучать практически любую белковую организацию. Для изучения доменных архитектур я выбрал за базовый домен HTH_3. Этот домен спираль-поворот-спираль один из многих способен связывать спираль ДНК. Всего последовательностей с таким доменом - 28547. Белок только с доменом HTH_3.
Белков с архитектурой HTH_3, 2TM найдено 61. Домен 2TM - маленький белок, состоящих из двух трансмембранных альфа-спиралей, часто соединенных с другими доменами.
Архитектура HTH_3, SKI свойственна 77 последовательностям. SKI - домен, отвечающий за АТФ-зависимое фосфорилирование шикимовой кислоты. Осуществляет пятую реакцию в цикле шикимовой к-ты, который является основным путем синтеза предшественников ароматичных аминокислот и вторичных метаболитов.
Доменная архитектура HTH_3, PAS_3 x 2 найдена у 6 последовательностей. Домен PAS_3 обычно является молекулярной "липучкой", соединяя другие молекулы и белки. Домен считается основной структурной единицей, обеспечивающей белок-белковые взаимодействия в циркадных циклах. Также это общий элемент, обнаруживаемый в сигнальных белках, где он функционирует как центр сигнализации.