Структура киназы представлена четырьмя различными PDB: 2DTJ, 3AAW, 3AB2, 3AB4.

2DTJ
В данной структуре представлена регуляторная часть фермента, с которой связывается треонин для стабилизации структуры.

3AAW
Полная структура фермента вместе с лизином и треонином, то есть пример стабильной структуры с обратным ингибированием.

3AB2
Полная структура киназы в комплексе с треонином. Данная модель является примером стабильной структуры без ингибирования.

3AB4
Структура мутантной аспартат киназы вместе с лизином и треонином. Отличием от структуры 3AAW является резистентность к обратному ингибированию лизином и треонином.

UniRef100
В данном кластере (UniRef100_P26512) встречаются только 6 аспартат киназ, 5 из которых находятся в базе данных TrEMBL, что значит, что эти белки не были описаны экспериментальным путем, и только исследуемый фермент имеет статью. Все эти киназы принадлежат бактериям из рода Corynebacterium. Исследуемый белок для данного класса является как seed'ом (длина 421 АА), так и representative'ом.

UniRef90
В этом кластере (UniRef90_P26512) представлены 29 ферментов. Только 2 из них имеются в базе Swiss-prot, а именно: исследуемый белок и киназа из Corynebacterium flavescens. Остальные же содержаться в базе TrEMBL. Seed'ом данного кластера является аспартат киназа из Corynebacterium sp. zg331 с длиной в 467 аминокислотных остатка, последовательность которой находиться в базе UniParc. Всего в кластере присутствуют 6 киназ из базы UniParc. Representative'ом, как и для UniRef100, является AK_CORGL, а также в UniRef90 содержаться только киназы из организмов рода Corynebacterium.

UniRef50
Наибольший, по очевидным причинам, кластер (UniRef50_P26512) из рассматриваемых, который содержит в себе 302 белка из организмов разных родов. К примеру, seed'ом в кластере является киназа из бактерии Streptomyces spectabilis длиной в 523 остатка из базы TrEMBL. Однако representative'ом все также является исследуемая киназа. Также как и в случае кластера UfiRef90, только 2 фермента существуют в базе Swiss-prot.

Вероятно, исследуемый белок является representative'ом для всех 3 кластеров, так как бактерия, из которой его выделили, используется в промышленности, а значит неплохо изучена.
Все 3 кластера являются достаточно маленькими, потому что охватывают небольшое количество родов. UniRef100 и UniRef90 охватывают всего лишь один род бактерий.

Протеом бактерии Corynebacterium glutamicum UP000000582 содержит в себе 3093 белка, 534 из которых содержаться в базе Swiss-prot, а остальные (2559 белков) в базе TrEMBL. По грубой оценке (по отношению количества белков из базы Swiss-prot к общему количеству белков) бактерия изучена на 17%. Данный протеом является референсным, так как бактерия представляет интерес в биотехнологической отрасли.

В качестве модельного объекта для сравнения была выбрана бактерия Bacillus subtilis с протеомом UP000000606, в котором отношение исследованных белков ко всем белкам похоже с первым протеомом. Если конкретнее, то UP000000606 содержит в себе 4164 белка, из которых 564 описанных белка. Отношение описанных ко всем равно, примерно, 14%.

Сравнение протеомов по некоторым функциональным типам приведено в таблице 2.
Команды для поиска белков доступны по ссылке.

Таблица 2.
Сравнение протеомов Corynebacterium glutamicum и Bacillus subtilis.

История киназы в базе Swiss-Prot начинается первого августа 1992 года. В то время ID был иным: AKAB_CORGL, а 30 мая 2000 года была переименована на современное название: AK_CORGL. За все время нахождения в базе было написано 159 .txt-файлов о ферменте. Интересным моментом является то, что в 20-ой записи (от 07.11.2002) поменялся .fasta-файл последовательности. Вероятно, это произошло из-за того, что за 10 лет методы определения первичной структуры белка стали более точными. Первой PDB структурой оказалась модель 2DTJ, регуляторная часть киназы, в 67-ой записи от 13.11.2007. Последняя же запись была написана 7 апреля 2021 года. Эта запись является последней, 159-ой, на момент написание обзора (13.04.2021).