BLAST programs for nucleic sequences

Задание 1.

Поиск в геноме участков, кодирующих белки, похожие на GUAD_BACSU

cp /P/y11/Term_3/Block_2/lm_genome.fasta ~/Term3/Practice6/lm_genome.fasta

makeblastdb -help  > makeblastdb.txt

• -in - input file/database name;
• -out - name of BLAST database to be created; default = input file name provided to -in argument;
• -dbtype - molecule type of input; default = `prot'; ('nucl' or 'prot');

makeblastdb -in lm_genome.fasta -dbtype nucl -out lm

• -query - input file name;
• -db - BLAST database name;
• -out - output file name;
• -evalue - expectation value (E) threshold for saving hits; default = `10'.

tblastn -query 1WKQ.fasta -db lm -out lmal.txt -evalue 0.001

Поиск гомологов белка GUAD_BACSU в геноме Listeria monocytogenesс помощью TBLASTN

Задание 2.

Нахождение записи EMBL по последовательности программой BLASTN

• На главной странице EBI (http://www.ebi.ac.uk/) в меню Tools выбираем "Similarity&Homology" → "NCBI BLAST", затем по гиперссылке "Nucleotide Databases".
• Поскольку известно, что последовательность – из бактерии и описана в одной из стандартных записей, снимем галочку против "EMBL Release"; после "развернем" "EMBL Release", затем "EMBL Prokaryote" и поставьте галочку против "EMBL Standard Prokaryote".
• Получив результат, нажмем "Show alignments", чтобы увидеть не только ID записей, но и кооординаты находок в них.
• Возьмем ту находку, в которой в выравнивание попала вся пробная последовательность, а совпадение – 100%. Если концу пробной последовательности соответствует большее число, чем началу, значит, направление последовательности совпадает с направлением записи; если наоборот – значит для записи выбрано противоположное направление (комплементарная последовательность).
• Посмотрим саму запись. Найдем в поле FT, описан ли как-либо участок записи EMBL, с которой совпала заданная последовательность.

• Данная последовательность присутствует в записи:

  	EMBL-Bank: AB001041.1 : Borrelia garinii DNA for outer surface protein A, complete cds.
  

  
• Координаты заданной последовательности в записи 575-754, она соответствует она направлению записи.
• В поле FT записи описан участок, пересекающийся с данной последовательностью. Этот участок - ген ospA. Его направление также прямое и совпадает с направлением заданной последовательности.

  FT   source          1..1500
  FT                   /organism="Borrelia garinii"
  FT                   /strain="JEM4"
  FT                   /mol_type="genomic DNA"
  FT                   /db_xref="taxon:29519"
  FT   -35_signal      257..269
  FT   -10_signal      279..290
  FT   RBS             322..327
  FT   CDS             335..1153
  FT                   /codon_start=1
  FT                   /transl_table=11
  FT                   /gene="ospA"
  FT                   /product="outer surface protein A"
  FT                   /db_xref="GOA:P96568"
  FT                   /db_xref="HSSP:1OSP"
  FT                   /db_xref="InterPro:IPR001809"
  FT                   /db_xref="InterPro:IPR023322"
  FT                   /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:P96568"
  FT                   /protein_id="BAA19222.1"
  FT                   /translation="MKKYLLGIGLILALIACKQNVSSLDEKNGVSVDLPGEMKVLVSKE
  FT                   KDKDGKYSLMATVDKLELKGTSDKSNGSGVLEGEKADKSKAKLTISQDLNQTTFEIFQE
  FT                   DGKTLVSRKVNSKDKSSTEEKFNDKGKLSEKVVTRKDGTRLEYTEIQNDGSGKAKEVLE
  FT                   GLTLEGTLAADGKTTLTVTEGTVTLSKNISKSGEITVALDDTASANKKSGTWDSDTSTL
  FT                   TIIKNSQKTKQLVFTKENTITVQNYNTAGNALEGSPDEIKDLAKLQAALK"
  

Задание 3.

Поиск гомологов гена программой BLASTN

FT   CDS             complement(34802..35272)
FT                   /transl_table=11
FT                   /gene="ykoA"
FT                   /product="YkoA"
FT                   /function="unknown"
FT                   /db_xref="GOA:O34598"
FT                   /db_xref="InterPro:IPR002125"
FT                   /db_xref="InterPro:IPR016192"
FT                   /db_xref="InterPro:IPR016193"
FT                   /db_xref="PDB:1TIY"
FT                   /db_xref="PDB:1WKQ"
FT                   /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:O34598"
FT                   /protein_id="CAA05596.1"
FT                   /translation="MNHETFLKRAVTLACEGVNAGIGGPFGAVIVKDGAIIAEGQNNVT
FT                   TSNDPTAHAEVTAIRKACKVLGAYQLDDCILYTSCEPCPMCLGAIYWARPKAVFYAAEH
FT                   TDAAEAGFDDSFIYKEIDKPAEERTIPFYQVTLTEHLSPFQAWRNFANKKEY"

• Запускаем команду

   seqret -sask 

  Далее вводим необходимые параметры.
• "input (gapped) sequence" - имя исходного файла (AJ002571.txt);
• "Begin at position [start]:" - начало вырезаемого участка (34802);
• "End at position [end]:" - конец вырезаемого участка (35272) ;
• "Reverse strand" - "n" - если участок на прямой цепи, "y" - если на обратной (y).
• На выходе файл guad1.fasta

blastn -query guad1.fasta -db lm -out lmal1.txt -evalue 0.001 -task blastn