Контакты

Вы можете связаться со мной, если это необходимо


Phylogenetic Trees Intro

Задание 1.

Цель занятия: поработать с филогенетическим деревом нескольких бактерий.

НазваниеМнемоника
Bacillus anthracisBACAN
Clostridium botulinumCLOB1
Finegoldia magnaFINM2
Enterococcus faecalisENTFA
Geobacillus kaustophilusGEOKA
Lactobacillus delbrueckiiLACDA
Listeria monocytogenesLISMO
Staphylococcus epidermidisSTAES


Руководствуясь приведённым ниже филогенетическим деревом, нарисуем дерево выбранных организмов:

Сначала запишем скобочную формулу: ((CLOBE1,FINM2),((STAES,(LISMO,(BACAN,GEOKA))),(ENTFA,LACDA))) в файл simple_tree.tre. А затем скачаем программу MEGA и откроем этот файл через нее. Получили такое вот изображение дерева:


В дереве можно выделить следущие нетривиальные ветви:
  • {CLOBE1,FINM2} vs {STAES,LISMO,BACAN,GEOKA,ENTFA,LACDA}
  • {GEOKA,BACAN} vs {CLOBE1,FINM2,STAES,LISMO,ENTFA,LACDA}
  • {GEOKA,BACAN,LISMO} vs {CLOBE1,FINM2,STAES,ENTFA,LACDA}
  • {GEOKA,BACAN,LISMO,STAES} vs {CLOBE1,FINM2,ENTFA,LACDA}
  • {ENTFA,LACDA} vs {CLOBE1,FINM2,STAES,LISMO,BACAN,GEOKA}


Наверх