Занятие 4. Странности в PDB файлах

Главная

1.Найти и объяснить странности в трёх или более из указанных PDB файлов

Выбрала файлы:
2B5A (глютамины 21 в четырёх мономерах)
1GT0: участок цепи C от 75 до 100 остатка
1DLP (остатки Asn136A, Arg167C и др.)
И описала в каждом случае: PDB-код, год расшифровки, разрешение, в чем странность и объяснение.
Полученный .docx.

2. Сравнение числа атомов с коэффициентом заполнения менее 1 и значения температурных факторов в какой-нибудь структуре атомного разрешения (<1.0 ангстрем) и какой-нибудь среднего разрешения (2.0 - 2.5 ангстрем)

Выбрала структуру 4UNU(0,95 А, 222 ак) и 4CI4 (2,3 A, 274 ак).
Получила данные:
Number of atoms with bad occupancy(<1) in 4UNU is 193
Number of atoms with bad occupancy(<1) in 4CI4 is 176
Number of atoms with bad temp factor(>30) in 4UNU is 7
Number of atoms with bad temp factor(>30) in 4CI4 is 1765
Number of atoms in 4UNU is 1682
Number of atoms in 4CI4 is 1941
Видно, что у 'хорошей'структуры(4UNU) больше атомов с плохим коэффициентом заселенности, чем у 'плохой' структуры(4CI4).
Но у 'плохой' структуры(4CI4) намного больше атомов с большим значением температурного фактора.
Это связано с тем, что при плохом разрешении трудно различать пики.
Т.е. если в структуре все-таки есть такие атомы, которые в разных ячейках представлены в разных положениях, то пик соответствующего атома будет просто размыт (при плохом разрешении). И авторы поэтому делают такие атомы с высоким температурным фактором. У структуры с плохим разрешением число таких атомов достигает больше половины от всех атомов.