A- и В- формы ДНК. Структура РНК.


Задание 1.Построить модели структур A-, B- и Z-формы ДНК с помощью инструментов пакета 3DNA.


С помощью программы Рutty я, используя протокол ssh, подсоединитесь к серверу kodomo.fbb.msu.ru. Перешла в директорию Term3/Practice2. Ввела следующие команды, что бы указать путь к 3DNA:
export PATH=${PATH}:/home/preps/golovin/progs/X3DNA/bin
export X3DNA=/home/preps/golovin/progs/X3DNA
С помощью команды fiber -h получила справку по команде fiber.
С помощью команды fiber -a gatc-a.pdb получила файл gatc-a.pdb со структурой A-формы дуплекса ДНК, последовательность одной из нитей которого представляет собой 5 раз повторенную последовательность "gatc".
С помощью команды fiber -b gatc-b.pdb получила файл gatc-b.pdb со структурой B-формы дуплекса ДНК, последовательность одной из нитей которого представляет собой 5 раз повторенную последовательность "gatc".
С помощью команды fiber -z gatc-z.pdb получила файл gatc-z.pdb со структурой Z-формы дуплекса ДНК, последовательность одной из нитей которого представляет собой 10 раз повторенную последовательность "gc".

Задание2.Средства RasMol для работы со структурами нуклеиновых кислот.

Упражнение1.


A-форма ДНК.

сахарофосфатный остов A-формы ДНК
все нуклеотиды (G-красный, A-зеленый ,T-синий, C- желтый)

все аденины
атом N7 во всех гуанинах и/или только в первом по последовательности
B-форма ДНК.

сахарофосфатный остов B-формы ДНК
все нуклеотиды (G-красный, A-зеленый ,T-синий, C- желтый)

все аденины
атом N7 во всех гуанинах и/или только в первом по последовательности
A-форма ДНК.

сахарофосфатный остов Z-формы ДНК
все нуклеотиды (G-красный, A-зеленый ,T-синий, C- желтый)

все аденины (в последоывательности нет аденинов)
атом N7 во всех гуанинах и/или только в первом по последовательности

Упражнение2.


Полученные файлы: 1DDN.pdb 1G59.pdb

1DDN
1G59

Упражнение3.



в ДНК, входящей в 1DDN, разрывов нет
Файл с координатами только ДНК.
в РНК, входящей в 1DDN, разрывов нет
Файл с координатами только РНК.

Задание 3


Упражнение1.



В молекуле B-ДНК белым изображен тимин 17, красным обозначены атомы, обращеные в сторону большой бороздки, синим обозначены атомы, обращеные в сторону малой бороздки.
В молекуле A-ДНК белым изображен тимин 17, красным обозначены атомы, обращеные в сторону большой бороздки, синим обозначены атомы, обращеные в сторону малой бороздки.


красным обозначены атомы в молекуле B-ДНК, обращеные в сторону большой бороздки, синим обозначены атомы, обращеные в сторону малой бороздки
B-форма ДНК A-форма ДНК
Атомы обращенные в сторону большой бороздки T11.CM5, T11.C5, T11.C4, T11.O4 T11.N1, T11.C2, T11.O2
Атомы обращенные в сторону малой бороздки T11.N1, T11.C2, T11.O2 T11.CM5, T11.C5, T11.C4, T11.O4
Остальные атомы основания T11.N3, T11.C6 T11.N3, T11.C6

В молекуле ДНК в Z-форме тиммина нет.

Упражнение2.

A-форма

B-форма

*Z-форма

Тип спирали (правая или левая)

правая

правая

правая

Шаг спирали (A)

28.03

33.75

43.50

Число оснований на виток

11

10

12

Ширина большой бороздки

16.81(С12)

17.21(A3)

18.30(C10)

Ширина малой бороздки

7.98(С12)

11.69(A3)

9.86(G17)


Упражнение3.


α
P-O5' 		β
O5'-C5' 		γ
C5'-C4' 		δ
C4'-C3' 		ε
C3'-O3' 		ξ
O3'-P 		χ
C1'-N
А-Днк для Т11 -51.71 174.79 41.72 79.10 -147.78 -75.12 -157.20
А-Днк в презентации -62 173 52 88 или 3 178 -50 160
В-Днк для Т11 -29.87 136.38 31.10 143.42 -140.77 -160.52 -97.95
А-Днк в презентации -63 171 54 123 или 131 155 -90 -117

Задание4.

Упражнение1.


Пакет 3DNA работает только со старым форматом PDB. Для перевода файлов в старый формат я использовала программу remediator:
remediator --old ''XXXXX.pdb'' > ''XXXXX_old.pdb
Файлы gatc-a.pdb, gatc-b.pdb, gc-z.pdb были созданы с помощью программ из пакета 3DNA уже в старом формате. Для анализа параметров структуры нуклеиновых кислот я использовала программы find_pair и analyze:
find_pair -t gatc-a.pdb stdout| analyze
С помощью этой команды я создала кучу файлов с информацией о параметрах структуры А-формы ДНК. В файле gatc-a.out, я нашла следующую информацию о торсионных углах в этой молекуле. 
Strand I
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi
   1 G     ---    174.8    41.7    79.0  -147.8   -75.1  -157.2
   2 A    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   3 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   4 C    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   5 G    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   6 A    -51.7   174.8    41.7    79.0  -147.8   -75.1  -157.2
   7 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   8 C    -51.7   174.8    41.7    79.0  -147.8   -75.0  -157.2
   9 G    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  10 A    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  11 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  12 C    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.7   -75.1  -157.2
  13 G    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  14 A    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  15 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  16 C    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  17 G    -51.7   174.8    41.7    79.0  -147.8   -75.1  -157.2
  18 A    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  19 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  20 C    -51.7   174.8    41.7    79.1    ---     ---   -157.2

Strand II
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi
   1 C    -51.7   174.8    41.7    79.0    ---     ---   -157.2
   2 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   3 A    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   4 G    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   5 C    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   6 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   7 A    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   8 G    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   9 C    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  10 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  11 A    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  12 G    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  13 C    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  14 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  15 A    -51.7   174.8    41.7    79.0  -147.8   -75.1  -157.2
  16 G    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.7   -75.1  -157.2
  17 C    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  18 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  19 A    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  20 G     ---    174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
Тоже самое я сделала для Z- и В-форм, и получила следующую информацию:
Для В-ДНК:

Strand I
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi
   1 G     ---    136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
   2 A    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
   3 T    -29.9   136.3    31.1   143.3  -140.8  -160.5   -97.9
   4 C    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
   5 G    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
   6 A    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
   7 T    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
   8 C    -29.9   136.3    31.1   143.3  -140.8  -160.5   -97.9
   9 G    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
  10 A    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
  11 T    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
  12 C    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
  13 G    -29.9   136.3    31.1   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
  14 A    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
  15 T    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
  16 C    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
  17 G    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
  18 A    -29.9   136.3    31.1   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
  19 T    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
  20 C    -29.9   136.3    31.2   143.3    ---     ---    -98.0

Strand II
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi
   1 C    -29.9   136.4    31.1   143.4    ---     ---    -98.0
   2 T    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
   3 A    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
   4 G    -29.9   136.3    31.1   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
   5 C    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
   6 T    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
   7 A    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
   8 G    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
   9 C    -29.9   136.3    31.1   143.3  -140.8  -160.5   -97.9
  10 T    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
  11 A    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
  12 G    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
  13 C    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
  14 T    -29.9   136.3    31.1   143.3  -140.8  -160.5   -97.9
  15 A    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
  16 G    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
  17 C    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
  18 T    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
  19 A    -29.9   136.3    31.1   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
  20 G     ---    136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
Для Z-ДНК:
 
Strand I
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi
   1 G     ---    179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
   2 C   -139.5  -136.7    50.9   137.6   -96.5    81.9  -154.3
   3 G     52.0   179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
   4 C   -139.5  -136.8    50.8   137.6   -96.5    82.0  -154.3
   5 G     51.9   179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
   6 C   -139.5  -136.8    50.9   137.6   -96.5    82.0  -154.3
   7 G     51.9   179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
   8 C   -139.5  -136.7    50.9   137.6   -96.5    81.9  -154.3
   9 G     52.0   179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
  10 C   -139.5  -136.8    50.8   137.6   -96.5    82.0  -154.3
  11 G     51.9   179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
  12 C   -139.5  -136.8    50.9   137.6   -96.5    82.0  -154.3
  13 G     51.9   179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
  14 C   -139.5  -136.7    50.9   137.6   -96.5    81.9  -154.3
  15 G     52.0   179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
  16 C   -139.5  -136.8    50.8   137.6   -96.5    82.0  -154.3
  17 G     51.9   179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
  18 C   -139.5  -136.8    50.9   137.6   -96.5    82.0  -154.3
  19 G     51.9   179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
  20 C   -139.5  -136.7    50.9   137.6    ---     ---   -154.3

Strand II
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi
   1 C   -139.5  -136.7    50.9   137.6    ---     ---   -154.3
   2 G     51.9   179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
   3 C   -139.5  -136.8    50.9   137.6   -96.5    82.0  -154.3
   4 G     51.9   179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
   5 C   -139.5  -136.8    50.8   137.6   -96.5    82.0  -154.3
   6 G     52.0   179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
   7 C   -139.5  -136.7    50.9   137.6   -96.5    81.9  -154.3
   8 G     51.9   179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
   9 C   -139.5  -136.8    50.9   137.6   -96.5    82.0  -154.3
  10 G     51.9   179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
  11 C   -139.5  -136.8    50.8   137.6   -96.5    82.0  -154.3
  12 G     52.0   179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
  13 C   -139.5  -136.7    50.9   137.6   -96.5    81.9  -154.3
  14 G     51.9   179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
  15 C   -139.5  -136.8    50.9   137.6   -96.5    82.0  -154.3
  16 G     51.9   179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
  17 C   -139.5  -136.8    50.8   137.6   -96.5    82.0  -154.3
  18 G     52.0   179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
  19 C   -139.5  -136.7    50.9   137.6   -96.5    81.9  -154.3
  20 G     ---    179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
Из приведенных выше данных видно, что для каждой формы ДНК характерны свои значения торсионных углов. Ниже приведена таблица с характерными значениями.
α
P-O5' 		β
O5'-C5' 		γ
C5'-C4' 		δ
C4'-C3' 		ε
C3'-O3' 		ξ
O3'-P 		χ
C1'-N
А-Днк -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
В-Днк -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
Z-Днк углы в C -139.5 -136.7 50.9 137.6 -96.5 81.9 -154.3
Z-Днк углы в G 52.0 179.0 -173.8 94.9 -103.6 -64.8 58.7 

Значения угла α близки в А- и В-формах;
значения угла β положительны и близки в А- и В-формах и в G Z-формы, но отрицательны в С Z-формы;
значения угла  положительны и близки в А- и В-формах и в С Z-формы, но отрицательны в G Z-формы;
значения угла δ положительны, но не близки во всех формах;
значения угла &epsilo; во всех формах отрицательны и  близки в А- и В-формах;
значения угла ξ не близки во всех формах;                  
значения угла χ близки в А-форме и в С Z-формы;
Торсионные углы в молекуле тРНК 1G59 
Strand I
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi
   1 G     ---   -161.2    55.0    98.3  -155.1   -75.7  -163.9
   2 G    -78.8  -165.2    44.9    96.0  -151.7   -71.0  -155.8
   3 C    -65.5   174.8    48.7    92.0  -152.0   -75.1  -146.4
   4 C    -57.5   175.0    44.6    91.2  -159.7   -84.2  -151.5
   5 C    -64.4   170.1    55.5    88.1  -158.5   -69.8  -162.5
   6 C    -64.6  -177.7    55.1    96.5  -162.4   -76.1  -163.7
   7 A    -75.6   175.3    74.8   130.5    ---     ---   -145.1
   8 G     ---    151.0    30.0    93.2  -147.9   -78.5  -173.7
   9 G    -69.3   177.2    61.9    92.2  -158.5   -66.6  -166.9
  10 G    -61.2  -173.6    40.7    90.2  -159.8   -99.2  -157.4
  11 G    126.3  -151.0  -166.9   104.6  -119.8   -27.5   179.1
  12 G   -110.5    56.4   178.7   112.4  -118.9   -89.0   166.5
  13 U      9.3   148.6   -19.7    92.5  -131.1   -75.9  -152.2
  14 U    -71.9   158.4    68.3    89.9    ---     ---   -146.5
  15 A     ---    172.6    51.8    92.5  -147.5   -58.4  -167.8
  16 G    -79.3  -179.5    57.9    90.6  -156.5   -77.8  -157.2
  17 G    -60.6   177.9    43.0    92.2  -156.5   -75.3  -157.2
  18 C    -76.6   174.7    60.8    88.5  -159.3   -69.1  -153.4
  19 C    -68.9  -178.7    54.0    87.1  -156.5   -73.1  -153.3
  20 G    -64.2   171.0    62.2    89.1  -155.9   -81.0  -163.1
  21 A    -59.9  -178.7    41.1    87.0    ---     ---   -146.0
  22 G     ---    166.4    48.1    97.2  -147.7   -72.6  -174.0
  23 U    -66.5  -172.1    46.0    93.2  -153.5   -78.6  -159.6
  24 C    -61.7  -177.5    43.0    90.7  -152.1   -73.5  -146.3
  25 U    118.5  -152.1  -146.8    91.1  -159.5   -80.7  -172.2
  26 A    -63.5  -171.1    49.9    92.5  -134.0   -68.6  -163.1
  27 G    -76.2   161.0    71.7    98.9    ---     ---   -147.0
  28 G     ---   -109.6    52.4   121.6    ---     ---    -59.1

Strand II
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi
   1 C    152.4  -141.2   163.0   105.5    ---     ---   -166.6
   2 U    -75.0   168.0    67.8    95.6  -153.5  -116.4  -161.1
   3 G    -57.7   175.8    44.9    94.5  -151.9   -73.1  -166.4
   4 G    -74.3   168.6    68.3    93.7  -155.8   -80.9  -169.3
   5 G    -55.1   174.2    40.2    90.2  -158.7   -73.3  -163.5
   6 G    -55.6   174.4    40.3    95.7  -158.1   -81.5  -153.4
   7 U    -60.5   176.0    48.0    94.3  -150.2   -77.8  -158.8
   8 C    -56.4   169.8    48.0    91.6  -150.4   -72.6  -168.6
   9 C    -60.8   167.2    47.2    92.9  -155.4   -81.0  -161.6
  10 C    -50.7   169.7    42.9    95.0  -152.6   -85.8  -144.8
  11 C    -72.7  -162.9    44.6   100.3  -153.9   -83.7  -156.3
  12 C     ---   -166.4    35.7   100.6  -158.5   -83.2  -175.2
  13 A     ---    143.7   115.0   115.2    ---     ---   -133.9
  14 G     ---   -116.2    50.9   109.8    ---     ---    -99.6
  15 C    -60.9   169.3    48.0    96.2    ---     ---   -159.1
  16 C    -61.3   171.1    58.6    89.4  -137.8   -71.2  -164.2
  17 C    -70.2   169.5    58.1    91.1  -156.2   -74.7  -152.3
  18 G    -72.1   173.9    59.9    88.2  -150.1   -84.4  -165.2
  19 G    -64.2   171.1    52.3    86.6  -152.4   -73.8  -164.9
  20 C    -67.2  -170.2    46.4    86.9  -148.6   -77.0  -151.6
  21 G    -67.9   175.9    46.3    87.4  -154.5   -62.7  -159.6
  22 C    -74.9  -174.3    59.6    92.0  -147.0   -65.1  -161.8
  23 A    -65.3   178.9    47.2    90.0  -162.6   -75.1  -161.8
  24 G    -52.3   170.8    52.0    91.7  -154.3   -76.0  -164.5
  25 G     ---    153.8    38.2    87.0  -150.3   -82.3  -166.4
  26 U     ---   -150.8    52.9    96.0    ---     ---   -141.0
  27 C     ---    105.3   170.0   134.9    ---     ---   -134.4
  28 C     ---   -151.0  -179.2   106.6    ---     ---    143.6
Мне кажется, что эта молекула тРНК больше похожа на A-форму ДНК.



Торсионные углы в молекуле ДНК 1DDNDNA 
Strand I
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi

   1 T     ---   -118.5   -94.9   154.7  -128.2  -115.0  -120.2
   2 A     62.6  -129.3  -138.0   149.9  -122.8   -71.6  -125.3
   3 T    -11.4   -72.8  -105.2   152.5  -172.9   -77.1  -130.4
   4 A    -77.2  -167.8    44.6   149.5  -175.8  -124.9   -91.6
   5 A     55.9  -160.3   -83.1   148.9  -171.7  -112.2  -119.3
   6 T     51.8  -162.2   -79.0   152.3  -169.1  -112.4  -129.0
   7 T     37.0   166.0   -45.2   154.4   174.7   -79.0  -108.5
   8 A    -61.5  -155.4    22.4   150.7   173.5  -103.0   -85.3
   9 G    -54.0  -170.8    33.7   150.0  -171.2   -95.7   -83.2
  10 G     -7.2   -95.9   -72.2   151.2  -175.5   -88.1  -146.2
  11 A    -49.0  -160.3    35.3   149.1  -166.5  -123.5  -115.3
  12 T     39.0  -178.9   -61.1   151.8  -172.9  -105.4  -107.8
  13 A    -46.2   171.7    42.1   148.7  -153.7  -109.9  -100.4
  14 G     11.8  -151.7   -63.2   157.6  -159.6  -106.1  -105.1
  15 C     22.4  -159.3   -76.3   146.4  -174.8  -117.7  -117.5
  16 T     47.6  -171.0   -63.1   145.1  -165.5  -100.7  -133.1
  17 T    -52.1   177.2    49.7   151.2  -164.8  -130.1  -103.5
  18 T     40.0  -173.3   -64.9   156.0  -178.7   -73.8  -110.6
  19 A    -57.5  -169.7    28.0   150.4  -150.5  -137.6   -84.1
  20 C     23.4  -160.0   -83.9   152.2   175.3  -108.6  -118.8
  21 C    -20.9  -166.2    14.3   151.5  -171.2  -130.0  -119.2
  22 T    -45.5   173.4    43.6   147.4  -179.1  -105.8  -112.7
  23 A    -50.3  -172.3    41.1   150.7  -157.0  -115.3   -97.3
  24 A     32.3  -131.5   -86.0   151.8  -150.5   -99.7  -127.9
  25 T     35.8  -140.3   -85.5   152.6   175.1   -87.2  -131.2
  26 T    172.0   160.7   173.4   151.6  -134.6   -88.2  -138.6
  27 A      8.3  -103.2   -92.2   152.0  -140.5   -89.4  -141.2
  28 T     33.2  -139.0   -94.5   153.4  -147.8   -93.4  -123.1
  29 T     28.3  -133.0   -84.0   153.9  -141.6   -94.3  -116.1
  30 T     34.2  -116.8   -96.2   153.1  -121.3   -77.2  -117.9
  31 T     -0.7   -64.9  -111.5   145.0   -96.6  -134.2  -142.4
  32 A     95.5  -125.0  -179.0   153.6    ---     ---   -108.3

Strand II
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi
   1 A    -53.6  -174.8    42.2   159.9    ---     ---    -95.0
   2 T     26.6  -178.8   -62.7   150.5   167.0   -90.2   -99.8
   3 A     28.6  -122.5   -94.0   156.4  -155.5   -98.2  -138.5
   4 T     55.8   179.2   -59.9   158.3  -149.4  -112.6  -111.1
   5 T    -41.4  -168.5    44.5   151.4  -179.3  -127.3  -113.6
   6 A    -63.3  -167.9    33.1   149.0   159.5  -107.4   -96.0
   7 A     39.6  -150.1   -79.5   153.4  -179.8   -83.7  -109.8
   8 T    -51.4  -179.7    47.8   148.8  -156.4  -117.7  -108.6
   9 C    -18.2  -170.2     9.8   149.0  -169.0  -122.5  -125.4
  10 C     26.8  -146.6  -101.8   147.3  -176.3  -108.5  -123.9
  11 T     16.5  -165.6   -53.7   159.9  -144.7  -116.2  -101.3
  12 A    -49.3   178.6    42.4   147.6  -161.0  -110.9  -103.8
  13 T    -52.2   173.0    53.7   148.7  -173.3  -113.3  -107.8
  14 C     -9.8  -178.0     4.3   150.8  -171.5  -126.5  -121.7
  15 G     28.7  -147.5   -95.5   144.6  -171.8  -110.3  -130.4
  16 A      1.4  -128.7   -71.9   158.9  -149.2  -101.8  -114.7
  17 A    -45.4   175.7    42.0   149.7  -144.4  -104.4  -101.9
  18 A    -46.4   179.4    37.8   146.7  -177.9  -117.4   -99.5
  19 T    -43.8  -156.6    25.0   146.5  -170.8  -109.8  -108.7
  20 G     16.2  -109.6   -79.4   147.4  -175.3   -88.0  -142.6
  21 G    -60.3  -175.7    39.6   150.3  -161.3  -116.7   -82.5
  22 A    -64.8  -152.5    23.9   149.8   175.7  -104.2   -86.8
  23 T     45.0   163.7   -51.8   154.0   173.3   -75.9  -109.9
  24 T     44.6  -156.3   -75.0   152.7  -175.0  -106.4  -130.4
  25 A     46.6  -160.4   -75.1   150.5  -166.2  -119.3  -117.2
  26 A    -59.4  -167.5    46.1   148.1  -170.3  -122.0   -97.1
  27 T     38.1   161.7   -57.5   156.9   169.5   -91.9   -99.6
  28 A     23.3  -108.9   -97.6   153.3  -167.3  -115.5  -122.0
  29 A     52.5  -140.8  -165.4   144.6  -124.4   -95.6  -122.2
  30 A     90.3  -142.6   173.7   160.2   -80.1  -169.0  -115.8
  31 A    -57.9   125.5    63.2   153.4   -88.5   168.3   -98.1
  32 T     ---    147.9    28.4   135.1  -135.3   179.5   -83.9
Подсчет средних значений углов в файле.
Желтым и зеленым обозначены наиболее отклоняющиеся от среднего углы,
наиболее дифформированные нуклеотиды 31T, 22A, 30A, 32T.

Упражнение2.


Информация о водородных связях содержится в файле 1G59RNA_OLD.out 

            Strand I                    Strand II          Helix
   1   (0.009) D:.501_:[..G]G-----C[..C]:.572_:D (0.010)     |
   2   (0.010) D:.502_:[..G]G-*---U[..U]:.571_:D (0.016)     |
   3   (0.010) D:.503_:[..C]C-----G[..G]:.570_:D (0.008)     |
   4   (0.009) D:.504_:[..C]C-----G[..G]:.569_:D (0.006)     |
   5   (0.009) D:.505_:[..C]C-----G[..G]:.568_:D (0.009)     |
   6   (0.008) D:.506_:[..C]C-----G[..G]:.567_:D (0.008)     |
   7   (0.009) D:.507_:[..A]Ax----U[..U]:.566_:D (0.015)     |
   8   (0.011) D:.549_:[..G]G-----C[..C]:.565_:D (0.012)     |
   9   (0.008) D:.550_:[..G]G-----C[..C]:.564_:D (0.010)     |
  10   (0.009) D:.551_:[..G]G-----C[..C]:.563_:D (0.014)     |
  11   (0.007) D:.552_:[..G]G-----C[..C]:.562_:D (0.011)     |
  12   (0.011) D:.553_:[..G]G----xC[..C]:.561_:D (0.009)     |
  13   (0.017) D:.554_:[..U]U-*--xA[..A]:.558_:D (0.008)     |
  14   (0.019) D:.555_:[..U]Ux**+xG[..G]:.517_:D (0.022)     x
  15   (0.011) D:.538_:[..A]A-*---C[..C]:.532_:D (0.013)     |
  16   (0.013) D:.539_:[..G]G-----C[..C]:.531_:D (0.008)     |
  17   (0.008) D:.540_:[..G]G-----C[..C]:.530_:D (0.009)     |
  18   (0.010) D:.541_:[..C]C-----G[..G]:.529_:D (0.008)     |
  19   (0.010) D:.542_:[..C]C-----G[..G]:.528_:D (0.006)     |
  20   (0.009) D:.543_:[..G]G-----C[..C]:.527_:D (0.012)     |
  21   (0.009) D:.544_:[..A]Ax*---G[..G]:.526_:D (0.009)     |
  22   (0.010) D:.510_:[..G]G-----C[..C]:.525_:D (0.012)     |
  23   (0.018) D:.511_:[..U]U-----A[..A]:.524_:D (0.009)     |
  24   (0.011) D:.512_:[..C]C-----G[..G]:.523_:D (0.008)     |
  25   (0.016) D:.513_:[..U]U-*--xG[..G]:.522_:D (0.007)     |
  26   (0.010) D:.514_:[..A]A-**-xU[..U]:.508_:D (0.015)     |
  27   (0.010) D:.515_:[..G]Gx**+xC[..C]:.548_:D (0.008)     x
  28   (0.012) D:.518_:[..G]G-----C[..C]:.556_:D (0.032)     +
1)Стебли:
Акцепторный стебель участок 1-7 комплементарен участку 72-66
T-стебель участок 49-53 комплементарен участку 65-61
D-стебель участок 10-13 комплементарен участку 25-22
Антикодоновый стебель участок 38-44 комплементарен участку 32-26

2)Неканонические пары оснований в файле обозначены '*'. Таких пар в молекуле тРНК 1G59 8.
3)Дополнительных водородных связей в тРНК, стабилизирующих ее третичную структуру 5. 
  12   (0.011) D:.553_:[..G]G----xC[..C]:.561_:D (0.009)     |
  13   (0.017) D:.554_:[..U]U-*--xA[..A]:.558_:D (0.008)   
  24   (0.011) D:.512_:[..C]C-----G[..G]:.523_:D (0.008)     |
  25   (0.016) D:.513_:[..U]U-*--xG[..G]:.522_:D (0.007)     |
  26   (0.010) D:.514_:[..A]A-**-xU[..U]:.508_:D (0.015)

Упражнение3.


В файле 1G59RNA_OLD.out содержится информация о перекрывании азотистых оснований 
  step      i1-i2        i1-j2        j1-i2        j1-j2        sum
   1 GG/UC  0.90( 0.00)  0.00( 0.00)  0.02( 0.00)  1.32( 0.00)  2.24( 0.00)
   2 GC/GU  6.86( 4.14)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  6.65( 4.06) 13.51( 8.20)
   3 CC/GG  0.74( 0.16)  0.00( 0.00)  0.19( 0.00)  2.64( 1.17)  3.57( 1.33)
   4 CC/GG  0.40( 0.00)  0.00( 0.00)  0.07( 0.00)  4.01( 2.73)  4.48( 2.73)
   5 CC/GG  0.65( 0.17)  0.00( 0.00)  0.17( 0.00)  2.62( 1.17)  3.44( 1.34)
   6 CA/UG  0.59( 0.00)  0.00( 0.00)  1.37( 0.63)  0.00( 0.00)  1.96( 0.63)
   7 AG/CU  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.14( 0.00)  1.67( 0.48)  1.81( 0.48)
   8 GG/CC  2.59( 1.07)  0.00( 0.00)  0.75( 0.00)  0.00( 0.00)  3.34( 1.07)
   9 GG/CC  3.42( 1.95)  0.00( 0.00)  0.45( 0.00)  0.60( 0.00)  4.47( 1.95)
  10 GG/CC  5.04( 3.70)  0.00( 0.00)  0.01( 0.00)  0.42( 0.00)  5.46( 3.70)
  11 GG/CC  4.11( 2.49)  0.00( 0.00)  0.20( 0.00)  0.00( 0.00)  4.31( 2.49)
  12 GU/AC  7.24( 4.67)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  3.97( 1.25) 11.21( 5.92)
  13 UU/GA  7.23( 4.29)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  5.20( 2.93) 12.43( 7.22)
  14 UA/CG  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)
  15 AG/CC  4.07( 2.23)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  5.64( 2.61)  9.71( 4.84)
  16 GG/CC  2.76( 1.22)  0.00( 0.00)  0.34( 0.00)  0.60( 0.01)  3.70( 1.22)
  17 GC/GC  5.91( 2.77)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  5.69( 2.76) 11.59( 5.53)
  18 CC/GG  0.11( 0.00)  0.00( 0.00)  0.81( 0.00)  3.36( 1.93)  4.28( 1.93)
  19 CG/CG  0.03( 0.00)  0.00( 0.00)  5.06( 2.27)  0.00( 0.00)  5.09( 2.27)
  20 GA/GC  2.60( 0.44)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  4.42( 1.97)  7.02( 2.41)
  21 AG/CG  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.81( 0.00)  1.37( 0.85)  2.17( 0.85)
  22 GU/AC  5.14( 2.34)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  3.26( 1.87)  8.40( 4.21)
  23 UC/GA  0.28( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  3.76( 2.35)  4.04( 2.35)
  24 CU/GG  1.38( 0.05)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  2.90( 1.40)  4.27( 1.45)
  25 UA/UG  0.00( 0.00)  2.56( 0.19)  6.17( 4.48)  0.00( 0.00)  8.73( 4.67)
  26 AG/CU  4.86( 2.31)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  4.86( 2.31)
  27 GG/CC  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)
Максимальное перекрывание у пары 2 GC/GU
2 GC/GU 6.86( 4.14) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 6.65( 4.06) 13.51( 8.20)
Из файла stacking.pdb выризаем в отдельный файл данные об 2 GC/GU с помощью команды
ex_str -2 stacking.pdb step2.pdb
Далее я построила изображение с помощью команд:
stack2img -cdolt step2.pdb step2.ps
pdb2img -rc step2.pdb stdout | render -jpeg > step2.jpg

© Julia Chudakova