Выравнивания.

1. Выравнивание фрагментов последовательности двух родственных белков.

Выравнивание.
Процент идентичности 48%.
Процент сходства 56%.

2.Карта локального сходства последовательностей.

Карта.
Переход от закрашеной клетки с координатами (i, j) к клетке (i+1, j+1), и соответствует в выравнивании двум одинаковым подряд идущем аминокислотам, переход от (i, j) к (i+n; j+n), соответствует замене n подряд идущим символам, переход от (i, j) к (i+n, j+m), n неравно m, соответствует m-n гепам,если m>n, или n-m гэпу, если n>m.

3. Выравнивание фрагмента с последовательностью белка Iola_Bacsu.

Выравнивание:
>lcl|40229 unnamed protein product
Length=19

Score = 42.0 bits (97), Expect = 1e-10, Method: Composition-based stats.
Identities = 19/19 (100%), Positives = 19/19 (100%), Gaps = 0/19 (0%)

Query 26 VVNPATKEVLCQVPISTKE 44
VVNPATKEVLCQVPISTKE
Sbjct 1 VVNPATKEVLCQVPISTKE 19

Координаты (начало и конец) последовательности фрагмента в полной последовательности белка: 26-44.

4.Выравнивание последовательности белка Iola_Bacsu с последовательностью гомологичного белка Iola2_Bacah.

ID	Iola_Bacsu	Iola2_Bacah
Организм	Bacillus subtilis	Bacillus thuringiensis
Процент идентичности ("Identities")	331/477 (69%)
Процент сходства ("Positives")	395/477 (83%)
Число символов разрыва (гэпов)	2
Число разрывов - идущих подряд символов разрыва	1	0
Суммарное число гэповых колонок	2
	7-66 67-126 127-186 187-246 247-306 307-364 365-424 425-481	9-68 69-128 129-188 189-248 249-308 309-368 369-428 429-485

Выравнивание:
>ref|ZP_03110908.1| methylmalonic acid semialdehyde dehydrogenase [Bacillus cereus
03BB108]
ref|YP_002749871.1| Gene info linked to YP_002749871.1 methylmalonic acid semialdehyde dehydrogenase [Bacillus cereus
03BB102]
ref|ZP_04311937.1| Methylmalonate semialdehyde dehydrogenase [acylating] 2 [Bacillus
cereus BGSC 6E1]
6 more sequence titles
Length=487

Score = 677 bits (1748), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust.
Identities = 331/477 (69%), Positives = 395/477 (83%), Gaps = 2/477 (0%)

Query 7 LKNYINGEWVESKTDQYEDVVNPATKEVLCQVPISTKEDIDYAAQTAAEAFKTWSKVAVP 66
+KNYI GEWVES + + E V NPAT EV+ QVP+STK D++ A A EAFK+WSK AVP
Sbjct 9 VKNYIGGEWVESISTKMEAVYNPATGEVIAQVPLSTKGDVEQAVLAANEAFKSWSKTAVP 68

Query 67 RRARILFNFQQLLSQHKEELAHLITIENGKNTKEALGEVGRGIENVEFAAGAPSLMMGDS 126
+RARILF +QQLL + EELA LITIENGK+ EA GEV RGIE VEFAAGAP+LMMG
Sbjct 69 KRARILFKYQQLLVDNWEELAKLITIENGKSYNEAYGEVLRGIECVEFAAGAPTLMMGKQ 128

Query 127 LASIATDVEAANYRYPIGVVGGIAPFNFPMMVPCWMFPMAIALGNTFILKPSERTPLLTE 186
L IAT +E+ YRYPIGV+GGI PFNFPMMVPCWMFP+AIA GNTF+LKPSERTPLL
Sbjct 129 LPDIATGIESGMYRYPIGVIGGITPFNFPMMVPCWMFPLAIACGNTFVLKPSERTPLLAA 188

Query 187 KLVELFEKAGLPKGVFNVVYGAHDVVNGILEHPEIKAISFVGSKPVGEYVYKKGSENLKR 246
+L EL E+AGLPKGV N+V GAHDVVNG+LEH +KAISFVGS+PV EYVYKKG+ENLKR
Sbjct 189 RLAELAEEAGLPKGVLNIVNGAHDVVNGLLEHKLVKAISFVGSQPVAEYVYKKGTENLKR 248

Query 247 VQSLTGAKNHTIVLNDANLEDTVTNIVGAAFGSAGERCMACAVVTVEEGIADEFMAKLQE 306
VQ+L GAKNH+IVLNDANLE I+ AAFGSAGERCMA +VVTVEE IAD+ + +L E
Sbjct 249 VQALAGAKNHSIVLNDANLELATKQIISAAFGSAGERCMAASVVTVEEEIADQLVERLVE 308

Query 307 KVADIKIGNGLDDGVFLGPVIREDNKKRTLSYIEKGLEEGARLVCDGREN--VSDDGYFV 364
+ I IGNGLD+ VFLGPVIR+++K+RT+ YI+ G+E+GA LV DGRE+ V GYFV
Sbjct 309 EANKIVIGNGLDEDVFLGPVIRDNHKERTIGYIDSGVEQGATLVRDGREDTAVKGAGYFV 368

Query 365 GPTIFDNVTTEMTIWKDEIFAPVLSVIRVKNLKEAIEIANKSEFANGACLFTSNSNAIRY 424
GPTIFD+VT EM IW+DEIFAPVLS++RVK+L EAIEIAN+S FANGAC++T + ++R
Sbjct 369 GPTIFDHVTKEMKIWQDEIFAPVLSIVRVKSLDEAIEIANESRFANGACIYTDSGASVRQ 428

Query 425 FRENIDAGMLGINLGVPAPMAFFPFSGWKSSFFGTLHANGKDSVDFYTRKKVVTARY 481
FRE I++GMLG+N+GVPAPMAFFPFSGWK SF+G LHANG D V+FYTRKK++T+R+
Sbjct 429 FRETIESGMLGVNVGVPAPMAFFPFSGWKDSFYGDLHANGTDGVEFYTRKKMLTSRW 485

Карта локального сходства:

Версия в gif.

Дополнительные задания.

5.Матрицу, в ячейке которой стоит вес замены соответствующих остатков в строке и столбце.

Матрица.