Укоренение и бутстрэп

     У общего предка всех взятых организмов произошла дупликация некоторого гена, и каждая копия развивалась отдельно (хотя и с существеыми оговорками, так как мы наблюдаем некоторую коэволюции двух субъединиц). В результате этого процесса мы имеем 2 довольно различные по аминокислотной последовательности субъединицы. На дереве видно, что обе субъединицы, с отделением каждого вида, эволюционировали в них примеро с одинаковой скоростью, отчего ветвление клад ClpX и HslU совпадает. Вероятно, это связано с совместным их использованием в клетках. Также интересно отметить, что предложенное по таким белкам ветвление клад (дублируют ветвление друг друга) отличается от филогенетического дерева (См. пратикум 1).