Гомологичное моделирование комплекса белка с лигандом

Вернуться к списку занятий



  • Выравнивание

    • Мой белок из организма (Viruses › dsDNA viruses, no RNA stage › Caudovirales › Siphoviridae ›) Lambda-like viruses: LYS_BPP21.
    Белок-образец форели: 1LMP.
    PDBструктура белка 1LMP.
    Полученное выравнивание:
  • Модификация выравнивания.



    • Было Стало
    P1;sp|P27359|LYS_BPP21 >P1;BPP21
    >P1;1LMP:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE >P1;1lmp

    полученный: файл.

  • Модификация файла со структурой.

    • полученный файл: 1lmp_now.
  • Модификация файла со структурой.

    • Скрипт.
    В моем выравнивании почти все остатки а.к., боковые группы которых образуют водородные связи, заменены на глицин. Поэтому я выбрала а.к. остатки, у которых водородные связи образуют атомы backbone.
    Это Asn59(N), Ala107(O), Val109(N). Кроме них также совпадает остаток Asp52(OD1,OD2). Получены 5 структур:


    1 .
    2 .
    3 .
    4 .
    5 .
    Мой белок длинее образца, водородные связи для С-конца не заданы, поэтому он в виде петли болтается в растворе. Конечно же такая структура невозможна.

  • WHATIF.

  • Воспользуемся сервисом WhatIf.
    Анализируем параметры "Ramachandran plot evaluation" и "Omega"

    МодельRamachandran Z-scoreBackbone conformation Z-scoreRMS Z-score for bond angles
    1lmp-0.965-0.1641.759
    1-2.604-3.9611.375
    2-3.375-4.6451.343
    3-2.999-4.4511.310
    4-2.729-4.7261.349
    5-2.415-3.9171.375

    Все результаты:
    1lmb.
    1 модель.
    2 модель .
    3 модель.
    4 модель .
    5 модель.
    Лучше всего образцу соответствует модель 5.

    © Karavaeva Julia 2009