Докинг низкомолекулярных лигандов в структуру белка

Вернуться к списку занятий

NAG

SMILES NAG
Команды:
obgen nag.smi > nag.mol
babel -imol nag.mol -opdb nag.pdb
С помощью скрипта созданы файлы pdbqt для белка
и лиганда.
Создан файл vina.cfg.

Первый докинг.

Получены файлы:
nag_prot.pdbqt - положения лиганда.
и nag_prot.log. - энергии моделей.
Три лучших энергии:

mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -5.0      0.000      0.000
   2         -4.8      3.523      5.281
   3         -4.8      4.304      6.329

Все состояния лиганда:

Докинг с учетом подвижности боковых радикалов.

Подвижная часть: Asp59, Asn113, Arg115.
Команды:
python /usr/share/pyshared/AutoDockTools/Utilities24/prepare_flexreceptor4.py -r seq5.pdbqt -s ASP59_ASN113_ARG115
vina --config vina.cfg --receptor 5_rigid.pdbqt --flex 5_flex.pdbqt --ligand nag.pdbqt --log nag_prot_flex.log --out nag_5_flex.pdbqt
Полученные файлы:
nag_prot_flex.log.
nag_prot_flex.pdbqt
Три лучших энергии:

mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -5.0      0.000      0.000
   2         -4.8      3.186      4.663
   3         -4.7      1.532      3.869

Докинг с подвижными лигандами считался дольше, чем обычный, что логично.
Полученные структуры:

В обычном докинге (сиреневый белок, красный лиганд) центров расположения лиганда меньше, чем в докинге с подвижными радикалами (оранжевый белок, фиолетовый лиганд).
В обычном докинге большая часть положений лиганда сосредоточена в активном центре, тогда как во втором докинге все положения лиганда в основном разбросаны в других участках белка. Таким образом, подвижный докинг является более гибким, возможно, с его помощью можно проследить путь лиганда к активному центру.

Докинг с другими лигандами.

Получены лиганды, в которых СH3C(=O)NH группа замещена на
-OH nag_oh.smi
-NH2 nag_nh2.smi
-H nag_h.smi
-Ph nag_ph.smi

Для докинга воспользовалась скриптом:
export PATH=${PATH}:/home/preps/golovin/progs/bin
for i in nag_h nag_oh nag_nh2 nag_ph ;do
obgen ${i}.smi > ${i}.mol
babel -imol ${i}.mol -opdb ${i}.pdb
/home/preps/golovin/progs/bin/prepare_ligand4.py -l ${i}.pdb -o ${i}.pdbqt
vina --config vina.cfg --receptor 5.pdbqt --ligand ${i}.pdbqt --out ${i}_5.pdbqt --log ${i}_5.log
vina --config vina.cfg --receptor 5_rigid.pdbqt --flex 5_flex.pdbqt --ligand ${i}.pdbqt --out ${i}_5_fr.pdbqt --log ${i}_5_fr.log
done

Файлы можно посмотреть здесь

Данные для:

-OH

 Неподвижный докинг
mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -5.4      0.000      0.000
   2         -4.8      4.467      6.170
   3         -4.8      4.262      7.165

 Подвижный докинг
mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -5.3      0.000      0.000
   2         -4.8      3.495      4.770
   3         -4.8      3.221      5.378

PyMol:

-NH2

 Неподвижный докинг
mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -5.8      0.000      0.000
   2         -5.7      2.333      6.877
   3         -5.3      2.697      6.594

 Подвижный докинг
mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -5.6      0.000      0.000
   2         -5.3      2.013      3.009
   3         -4.8      8.433     10.679

PyMol:

-Ph

 Неподвижный докинг
mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -5.8      0.000      0.000
   2         -5.7      2.344      6.859
   3         -5.4      2.622      6.720

 Подвижный докинг
mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -4.7      0.000      0.000
   2         -4.5      2.584      4.080
   3         -4.4      2.794      6.106

PyMol:

-H

 Неподвижный докинг
mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -4.4      0.000      0.000
   2         -4.3      3.485      4.478
   3         -4.2      9.046     10.688

 Подвижный докинг
mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -4.4      0.000      0.000
   2         -4.2      4.014      5.208
   3         -4.2      4.625      7.031

PyMol:

Самая высокая афинность у лиганда с фенильной группой.

Докинг низкомолекулярных лигандов в структуру белка

Вернуться к списку занятий

© Karavaeva Julia 2009