Расчёт энергии сольватации димера из двух мономеров полиэтиленгликоля методом FEP.

Вернуться к списку занятий



1. Разобьем 1,2-диметоксиэтан на два мономера. SMILES исходного вещества: СОССОС. Мономер: СОС.
2. Расчитаем частичные заряды на атомах этого остатка используя как заглушку метильную группу.
SMILES: CСОС.
3. При подсчёте зарядов полезно использовать специальные возможности RED-vIII.4.pl.
Надо добавить директиву в p2n файл mol_red1.p2n об обнулении зарядов на метильной группе-заглушке и удалении этой группы из финального файла.
REMARK INTRA-MCC 0.0 | 9 10 11 12 | R
4. Изменим файл aminoacids.rtp, добавив в конец запись нашего мономера:
[ EGL ]
 [ atoms ]
    CA    CT           0.02750     1
   HA1    H1           0.05010     2
   HA2    H1           0.05010     3
   HA3    H1           0.05010     4
     O     O          -0.36850     5
    CB    CT           0.13770     6
   HB1    H1           0.02000     7
   HB2    H1           0.02000     8   
   
 [ bonds ]
    CA   HA1
    CA   HA2
    CA   HA3
    CA     O
     O    CB 
    CB   HB1
    CB   HB2
    CA   +CB
5. Подготовим систему к МД и запуск счёта с шагом lambda 0.1.
Теперь сделаем файл формата pdb для 1,2-диметоксиэтана. Получился файл 2-out.pdb.

© Karavaeva Julia 2009