Вычисление точечных зарядов и VdW параметров для молекулярной механики
Задание 1.
Получен файл et.pdb c помощью команд:
export PATH=${PATH}:/home/preps/golovin/progs/bin
babel -igamout et.log -opdb et.pdb
Подготовка pdb файла:
Ante_RED.pl et.pdb
Переименовала p2n
Запуск RED: RED-vIII.4.pl
Получен файл Mol_m1-o1.mol2 с координатами атомов и зарядами.
@MOLECULE
LIG
8 7 1 0 1
SMALL
USER_CHARGES
@ATOM
1 C 0.763688 0.000000 -0.000000 C 1 LIG -0.0189 ****
2 H 1.156406 0.000000 -1.012074 H 1 LIG 0.0059 ****
3 H 1.156406 0.876482 0.506037 H 1 LIG 0.0059 ****
4 H 1.156406 -0.876482 0.506037 H 1 LIG 0.0059 ****
5 C -0.763688 0.000000 0.000000 C 1 LIG -0.0155 ****
6 H -1.156406 0.000000 1.012074 H 1 LIG 0.0056 ****
7 H -1.156406 0.876482 -0.506037 H 1 LIG 0.0056 ****
8 H -1.156406 -0.876482 -0.506037 H 1 LIG 0.0056 ****
@BOND
1 1 2 1
2 1 3 1
3 1 4 1
4 1 5 1
5 5 6 1
6 5 7 1
7 5 8 1
@SUBSTRUCTURE
1 LIG 1 **** 0 **** ****
Задание 2.
Создан файл et.top
Задание 3.
Было подготовлено два состояния системы, первое (box_big.gro) соответствует
газовой фазе,
где расстояния между молекулами порядка 50 ангстрем. Вторая(box_38.gro)
система имеет
такую же плотность как и жидкий этан.
Нужно провести короткое моделирование динамики каждой из
этих систем и определить разницу в энергии VdW взаимодействий между системами.
И сравнить эту разницу с энтальпией испарения этана. При Т=25 это значение равно
5.4 кДж/моль. epsilon для водорода не известна.
Используем скрипт.
Получены следующие данные:
Минимальный порядок значения энергий VdW взаимодействий для жидкости 10-4, газа - 1.
Кулоновские взаимодействия меншье, их вклад менее значителен.
Для того, чтобы воспроизводилась энтальпии испарения этана, epsilon водорода должна лежать в диапазоне от 0,037 до 0,125.
© Karavaeva Julia 2012