Изучение работы методов контроля температуры в GROMACS

Вернуться к списку занятий



Было получено 5 pdb файлов для различных методов:
  • et_be.pdb - метод Берендсена для контроля температуры.
  • et_vr.pdb - метод "Velocity rescale" для контроля температуры.
  • et_nh.pdb - метод Нуза-Хувера для контроля температуры.
  • et_an.pdb - метод Андерсена для контроля температуры.
  • et_sd.pdb - метод стохастической молекулярной динамики.

    В методе be молекула этана вращается вокруг C-C связи и вокруг ее середины. Длины связей почти не меняются.
    В методе vr меняются длины всех связей, молекула очень хаотически крутится.
    В методе nh молекула только вращается вокруг оси C-C связи.
    В методе an молекула как бы дрожит, никаких изменений не видно.
    В методе sd молекула быстро перемещается по всему экрану, что-либо понять тяжело.

    МетодЭнергииС-С
    be
    vr
    nh
    an
    sd


    Все методы дают графики, похожие на распреденение Больцмана, но больше всех на него похожи графики методов vr, nh и sd, хотя метод cтохастической молекулярной динамики показывает странное поведение молекулы при визуализации.

    © Karavaeva Julia 2012