Особенности аминокислотного состава белка IOLI_Bacsu
1. Последовательность белка IOLI_Bacsu в формате FASTA
> sp|P42419|IOLI_BACSU putative sugar-phosphate epimerase/isomerase
MKLCFNEATTLENSNLKLDLELCEKHGYDYIEIRTMDKLPEYLK
DHSLDDLAEYFQTHHIKPLALNALVFFNNRDEKGHNEIITEFKG
MMETCKTLGVKYVVAVPLVTEQKIVKEEIKKSSVDVLTELSDIA
EPYGVKIALEFVGHPQCTVNTFEQAYEIVNTVNRDNVGLVLDSF
HFHAMGSNIESLKQADGKKIFIYHIDDTEDFPIGFLTDEDRVWP
GQGAIDLDAHLSALKEIGFSDVVSVELFRPEYYKLTAEEAIQTA
KKTTVDVVSKYFSM
2. Длина последовательности - 278 аминокислотных остатков.
3. Молекулярная масса белка IOLI_Bacsu - 31600 а.е.м.
4.Аминокислотный состав белка IOLI_Bacsu
|
Самые частые аминокислотные остатки - K, V, E, L
Самые редкие аминокислотные остатки - W, C. R, M
В белке содержится одинаковое число остатков G и S, I и T, K и V, E и L
Вычисления проведены с помощью, см. книгу IOLI_Bacsu.xls, лист aa_frequencies
|
5. Средний электрический заряд молекулы -15 e
Метод вычислений: в последовательности аминокислотных остатков каждому аминокислотному остатку
поставлено в соответствие значение заряда этого остатка из таблицы (см. книгу) с помощью функции ЕСЛИ(*).
Далее подсчитана сумма зарядов всех аминокислотных остатков последовательности с помощью функции СУММ.
(*)Использовалось вложение функции ЕСЛИ. Следующая функция вкладывалась в предыдущую в случае значения ЛОЖЬ.
6. Сравнение со средним аминокислотным составом белков Bacillus subtilis,
а также с аминокислотным составом мембранных белков этой же бактерии.
Вывод: белок IOLI_Bacsu скорее всего немембранный,
так как процентное содержание в нем явно гидрофобных аминокислотных остатков ниже, чем в мембранных белках B. subtilis, а процентное содержание
явно гибдрофильных аминокислотных остатков - выше.
7. Профиль гидрофобности белка IOLI_Bacsu.
|
В белке можно выделить 4 явно гидрофильных и 5 явно гидрофобных участков. Самый гдрофильный фрагмент (значение -29,4) -
аминокислотные остатки с 73 по 92. Самый гидрофобный фрагмент (значение 20,3) - аминокислотные остатки с 89 по 108.
8. Распределение длин белков B. subtilis.
|
Белок IOLI_Bacsu имеет длину 278 аминокислотных остатков. Он входит в число белков, имеющих длину от 200 до 300 аминокислотных остатков (см. шкалу
распределения длин белков B. subtilis, интервал 200-300). В этот интервал длин входит 1024 белка, включая IOLI_Bacsu.
Белок IOLI_Bacsu является средним по длине в данном протеоме.
© Karavaeva Julia 2009
