EMBOSS.

Задание 1.

Несколько файлов в формате fasta собрать в единый файл.

Исходные файлы: HSP71_YEAST.fasta 1.fasta mylist.txt

Команда: seqret @mylist.txt result.fasta

Результат: result.fasta

Задание 2.

Один файл в формате fasta с несколькими последовательностями разделить на отдельные fasta файлы.

Исходные файлы: result.fasta

Команда: seqretsplit result.fasta

Результат: p10591.4.fasta a03.fasta a04.fasta

Задание 3.

Из файла с хромосомой в формате .gb вырезать три кодирующих последовательности по указанным координатам "от", "до", "ориентация" и сохранить в одном fasta файле.

Исходные файлы: mylist1.txt GenBank

Команда: seqret @mylist1.txt res3.fasta

Результат: res3.fasta

Задание 4.

Транслировать кодирующие последовательности, лежащие в одном fasta файле, в аминокислотные, используя указанную таблицу генетического кода. Результат - в одном fasta файле.

Исходные файлы: res3.fasta

Команда: transeq -table 0 -sequence res3.fasta -outseq res4.fasta

Результат: res4.fasta

Задание 5.

Транслировать данную нуклеотидную последовательность в шести рамках.

Исходные файлы: task5.fasta

Команда: transeq -sequence task5.fasta -frame 6 -outseq res5.fasta

Результат: res5.fasta

Задание 6.

Перевести выравнивание из fasta формате в формат .msf.

Исходные файлы: 1.fasta

Команда: seqret 1.fasta msf::task6.msf

Результат: task6.msf

Задание 7.

Выдать в выходной поток число совпадающих букв между второй последовательностью выравнивания и всеми остальными (на выходе только имя последовательности и число).

Исходные файлы: task7.fasta

Команда: infoalign task7.fasta -refseq 2 -only -name -idcount

Результат: task7.infoalign

Задание 8.

Перевести аннотации особенностей в записи формата .gb в табличный формат .gff.

Исходные файлы: task8.gb

Команда: featcopy task8.gb task8.gff

Результат: task8.gff

Задание 9.

Из данного файла с хромосомой в формате .gb получить fasta файл с кодирующими последовательностями. Добавить в описание каждой последовательности функцию белка.

Исходные файлы: task9.gb

Команда: extractfeat task9.gb -type CDS -describe product -outseq res9.fasta

Результат: res9.fasta

Задание 10.

Перемешать буквы в данной нуклеотидной последовательности.

Исходные файлы: 03.fasta

Команда: shuffleseq 03.fasta res10.fasta

Результат: res10.fasta

[назад]